SAXSdb — 8a0x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antitoxin HigA-2

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Toxin HigB-2 × 2 （Q9KMA6） DNA (30-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIGA2_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 2–104 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 2–104

Toxin HigB-2

Vibrio cholerae

UniProt Q9KMA6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Antitoxin HigA-2 × 2 （Q9KMA5） DNA (30-MER) × 1 DNA (31-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIGB2_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–113； UniProt 1–110 作者链 D； PDB构建体 4–113； UniProt 1–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8a0x
沉积日期 deposition_date	2022-05-30
结构标题 title	Crystal structure of the HigB2-HigA2 tetramer in complex with operator DNA
关键词 keywords	antitoxin, HigA2, repressor, toxin-antitoxin module, HigB2, Vibrio cholerae, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8a0x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8a0x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8a0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.16 Å
Rg（电子密度）	30.36 Å
总 Rg	30.88 Å
原子数	4539
残基数	485
排除体积	76118 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8a0x__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antitoxin HigA-2
分子量 formula_weight	11582.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4539

SNRDLFAELSSALVEAKQHSEGKLTLKTHHVNDVGELNISPDEIVSIREQFNMSRGVFARLLHTSSRTLENWEQGRSVPNGQAVTLLKLVQRHPETLSHIAEL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Toxin HigB-2
分子量 formula_weight	13308.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSHMKSVFVESTIFEKYRDEYLSDEEYRLFQAELMLNPKLGDVIQGTGGLRKIRVASKGKGKRGGSRIIYYFLDEKRRFYLLTIYGKNEMSDLNANQRKQLMAFMEAWRNEQS

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (30-MER)
分子量 formula_weight	9431.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CGCCATCTGTACGCTTGGTGCGTACACTTCC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9636.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGGAAGTGTACGCACCAAGCGTACAGATGGC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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晶胞边长 a length_a	113.620 Å
晶胞边长 b length_b	113.620 Å
晶胞边长 c length_c	121.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.296 Å
最低分辨率 resolution_low	48.342 Å
R 因子 r_factor	0.2395
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2674

Crystal structure of the HigB2-HigA2 tetramer in complex with operator DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antitoxin HigA-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toxin HigB-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8a0x__assembly_1__model_1

8a0x__assembly_1__model_1 | I(q)

8a0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the HigB2-HigA2 tetramer in complex with operator DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antitoxin HigA-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toxin HigB-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8a0x__assembly_1__model_1

8a0x__assembly_1__model_1 | I(q)

8a0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)