8a1t

Sodium pumping NADH-quinone oxidoreductase

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B × 1 （A0A085SSI3） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C × 1 （A0A085R7S2） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D × 1 （A0A085RHY8） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E × 1 （A0A085QWM0） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F × 1 （A0A085ST13） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 RIBOFLAVIN × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A655PZA5_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–446； UniProt 17–462

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B

Vibrio cholerae

UniProt A0A085SSI3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A × 1 （A0A655PZA5） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C × 1 （A0A085R7S2） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D × 1 （A0A085RHY8） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E × 1 （A0A085QWM0） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F × 1 （A0A085ST13） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 RIBOFLAVIN × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A085SSI3_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–415； UniProt 1–415

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C

Vibrio cholerae

UniProt A0A085R7S2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A × 1 （A0A655PZA5） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B × 1 （A0A085SSI3） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D × 1 （A0A085RHY8） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E × 1 （A0A085QWM0） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F × 1 （A0A085ST13） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 RIBOFLAVIN × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A085R7S2_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D

Vibrio cholerae

UniProt A0A085RHY8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A × 1 （A0A655PZA5） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B × 1 （A0A085SSI3） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C × 1 （A0A085R7S2） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E × 1 （A0A085QWM0） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F × 1 （A0A085ST13） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 RIBOFLAVIN × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A085RHY8_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E

Vibrio cholerae

UniProt A0A085QWM0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A × 1 （A0A655PZA5） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B × 1 （A0A085SSI3） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C × 1 （A0A085R7S2） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D × 1 （A0A085RHY8） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F × 1 （A0A085ST13） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 RIBOFLAVIN × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A085QWM0_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

Vibrio cholerae

UniProt A0A085ST13

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A × 1 （A0A655PZA5） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B × 1 （A0A085SSI3） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C × 1 （A0A085R7S2） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D × 1 （A0A085RHY8） Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E × 1 （A0A085QWM0） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 RIBOFLAVIN × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A085ST13_VIBCL
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–408； UniProt 1–408

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8a1t
沉积日期 deposition_date	2022-06-02
结构标题 title	Sodium pumping NADH-quinone oxidoreductase
关键词 keywords	quinone, NADH, sodium pump, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8a1t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8a1t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8a1t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.65 Å
Rg（电子密度）	41.86 Å
总 Rg	41.99 Å
原子数	29896
残基数	1889
排除体积	269420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8a1t__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
分子量 formula_weight	48680.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29896

MITIKKGLDLPIAGTPSQVISDGKAIKKVALLGEEYVGMRPTMHVRVGDEVKKAQILFEDKKNPGVKFTSPVSGKVVEINRGAKRVLQSVVIEVAGDDQVTFDKFEANQLASLNRDAIKTQLVESGLWTAFRTRPFSKVPAIDSTSEAIFVTAMDTNPLAAEPTVVINEQSEAFVAGLDVLSALTTGKVYVCKKGTSLPRSQQPNVEEHVFDGPHPAGLAGTHMHFLYPVSADHVAWSINYQDVIAVGQLFLTGELYTQRVVSLAGPVVNKPRLVRTVMGASLEQLVDSEIMPGEVRIISGSVLSGTKATGPHAYLGRYHLQVSVLREGRDKELFGWAMPGKNKFSVTRSFLGHLFKGQVYNMTTTTNGSDRSMVPIGNYEKVMPLDMEPTLLLRDLCAGDSDSAVRLGALELDEEDLALCTFVCPGKYEYGQLLRECLDKIEKEG

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
分子量 formula_weight	45390.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGLKKFLEDIEHHFEPGGKHEKWFALYEAAATLFYTPGLVTKRSSHVRDSVDLKRIMIMVWLAVFPAMFWGMYNAGGQAIAALNHLYSGDQLAAIVAGNWHYWLTEMLGGTMSSDAGWGSKMLLGATYFLPIYATVFIVGGFWEVLFCMVRKHEVNEGFFVTSILFALIVPPTLPLWQAALGITFGVVVAKEVFGGTGRNFLNPALAGRAFLFFAYPAQISGDLVWTAADGYSGATALSQWAQGGAGALINNATGQTITWMDAFIGNIPGSIGEVSTLALMIGAAFIVYMGIASWRIIGGVMIGMILLSTLFNVIGSDTNAMFNMPWHWHLVLGGFAFGMFFMATDPVSASFTNSGKWAYGILIGVMCVLIRVVNPAYPEGMMLAILFANLFAPLFDHVVVERNIKRRLARYGKQ

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
分子量 formula_weight	27652.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASNNDSIKKTLFVVIALSLVCSIIVSAAAVGLRDKQKENAALDKQSKILQVAGIEAKGSKQIVELFNKSIEPRLVDFNTGDFVEGDAANYDQRKAAKEASESIKLTAEQDKAKIQRRANVGVVYLVKDGDKTSKVILPVHGNGLWSMMYAFVAVETDGNTVSGLTYYEQGETPGLGGEVENPAWRAQWVGKKLFDENHKPAIKIVKGGAPQGSEHGVDGLSGATLTSNGVQNTFDFWLGDMGFGPFLTKVRDGGLN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
分子量 formula_weight	22853.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSSAKELKKSVLAPVLDNNPIALQVLGVCSALAVTTKLETAFVMTLAVMFVTALSNFFVSLIRNHIPNSVRIIVQMAIIASLVIVVDQILKAYLYDISKQLSVFVGLIITNCIVMGRAEAFAMKSEPIPSFIDGIGNGLGYGFVLMTVGFFRELLGSGKLFGLEVLPLISNGGWYQPNGLMLLAPSAFFLIGFMIWAIRTFKPEQVEAKE

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
分子量 formula_weight	21481.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MEHYISLLVKSIFIENMALSFFLGMCTFLAVSKKVKTSFGLGIAVIVVLTISVPVNNLVYNLVLKPDALVEGVDLSFLNFITFIGVIAALVQILEMILDRFFPPLYNALGIFLPLITVNCAIFGGVSFMVQRDYSFAESVVYGFGSGVGWMLAIVALAGIREKMKYSDVPPGLRGLGITFITAGLMALGFMSFSGVQL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
分子量 formula_weight	45113.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSTIIFGVVMFTLIILALVLVILFAKSKLVPTGDITISINGDPEKAIVTQPGGKLLTALAGAGVFVSSACGGGGSCGQCRVKIKSGGGDILPTELDHISKGEAREGERLACQVAVKADMDLELPEEIFGVKKWECTVISNDNKATFIKELKLAIPDGESVPFRAGGYIQIEAPAHHVKYADFDVPEKYRGDWDKFNLFRYESKVDEPIIRAYSMANYPEEFGIIMLNVRIATPPPNNPNVPPGQMSSYIWSLKAGDKCTISGPFGEFFAKDTDAEMVFIGGGAGMAPMRSHIFDQLKRLKSKRKMSYWYGARSKREMFYVEDFDGLAAENDNFVWHCALSDPQPEDNWTGYTGFIHNVLYENYLKDHEAPEDCEYYMCGPPMMNAAVINMLKNLGVEEENILLDDFGG

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	RIBOFLAVIN
分子量 formula_weight	376.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.37 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	248368

Sodium pumping NADH-quinone oxidoreductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8a1t__assembly_1__model_1

8a1t__assembly_1__model_1 | I(q)

8a1t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer