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8a7d

Partial dimer complex of PAPP-A and its inhibitor STC2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 138.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pappalysin-1

Homo sapiens

UniProt Q13219

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 82–1617 链 Q； UniProt 82–1617 突变：E563Q Stanniocalcin-2 × 1 （O76061） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Hepes buffer, 20 mM Hepes pH 7.4 100 mM NaCl, 1 mM CaCl cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4 s 分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8A7D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7UFG Cryo-EM structure of PAPP-A in complex with IGFBP5 提交 2022-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 81–1627（1547 aa）
链 B 81–1627（1547 aa）
突变：E483A, S1144Y 突变：E483A, S1144Y ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；BTP (Bis-Tris-Propane) pH 9.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
7Y5N Structure of 1:1 PAPP-A.ProMBP complex(half map) 提交 2022-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 81–1627（1547 aa）
链 D 81–1627（1547 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
7Y5Q Structure of 1:1 PAPP-A.STC2 complex(half map) 提交 2022-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 81–1627（1547 aa）
链 B 81–1627（1547 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8A7E PAPP-A dimer in complex with its inhibitor STC2 提交 2022-06-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 82–1617（1536 aa）
链 Q 82–1617（1536 aa）
突变：E563Q 突变：E563Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES buffer 20 mM Hepes pH 7.5 100 mM NaCl, 1mM CaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 4.5 sec
分辨率 5.02 Å
8D8O Cryo-EM structure of substrate unbound PAPP-A 提交 2022-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 81–1627（1547 aa）
链 B 81–1627（1547 aa）
突变：E483A, S1144Y 突变：E483A, S1144Y ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；BTP (Bis-Tris-Propane) pH 9.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
8HGG Structure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex 提交 2022-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1627（1627 aa）
链 D 1–1627（1627 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
8HGH Structure of 2:2 PAPP-A.STC2 complex 提交 2022-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 81–1627（1547 aa）
链 B 81–1627（1547 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAPP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1536； UniProt 82–1617 作者链 Q； PDB构建体 1–1536； UniProt 82–1617

Stanniocalcin-2

Homo sapiens

UniProt O76061

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 44–210 未记录 Pappalysin-1 × 2 （Q13219） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Hepes buffer, 20 mM Hepes pH 7.4 100 mM NaCl, 1 mM CaCl cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4 s 分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8A7D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7Y5Q Structure of 1:1 PAPP-A.STC2 complex(half map) 提交 2022-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–302（302 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8A7E PAPP-A dimer in complex with its inhibitor STC2 提交 2022-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 44–211（168 aa）
链 P 44–211（168 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES buffer 20 mM Hepes pH 7.5 100 mM NaCl, 1mM CaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 4.5 sec
分辨率 5.02 Å
8HGH Structure of 2:2 PAPP-A.STC2 complex 提交 2022-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–302（302 aa）
链 G 1–302（302 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STC2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–167； UniProt 44–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8a7d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8a7d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8a7d
沉积日期 deposition_date2022-06-20
结构标题 titlePartial dimer complex of PAPP-A and its inhibitor STC2
关键词 keywordsMetzincin metalloprotease Inhibitor complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.39 Å
零角强度 I(0) i0387273000.00
分子量 molecular_weight154000.0 kDa
排除体积 excluded_volume189680 ų
包络体积 envelope_volume279120 ų
水化壳体积 shell_volume56969 ų
包络直径 envelope_diameter142.6 Å
壳层 Rg shell_rg46.10 Å
包络 Rg envelope_rg40.90 Å
形状 Rg shape_rg41.36 Å
总 Rg total_rg41.74 Å
总原子数 total_atoms10771
残基数 n_residues1361
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.4 Å
Rg (实空间) rg_real41.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal387300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8905
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.3 Å
偏度 Skewness skewness0.274
峰度 Kurtosis kurtosis-0.478
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21550000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.853
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8a7dC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)