8aak

Crystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with compound 29

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntenin-1

Homo sapiens

UniProt O00560

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 113–273 链 B; UniProt 113–273 未记录 LL6 (2~{S})-2-[[(2~{S})-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)-3-phenyl-propanoyl]amino]propanoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;297 K;100mM sodium acetate 200mM ammonium acetate 20% PEG3350 分辨率 2.55 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、186 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDCB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–166; UniProt 113–273 作者链 B; PDB构建体 6–166; UniProt 113–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8aak

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8aak
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8aak
沉积日期 deposition_date2022-07-01
结构标题 titleCrystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with compound 29
关键词 keywordssignaling protein cell adhesion PDZ domain syntenin syndecan drug design, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.95
零角强度 I(0) i022967600.00
分子量 molecular_weight36381.0 kDa
排除体积 excluded_volume45629 ų
包络体积 envelope_volume55811 ų
水化壳体积 shell_volume21424 ų
包络直径 envelope_diameter78.5
壳层 Rg shell_rg28.30
包络 Rg envelope_rg22.22
形状 Rg shape_rg21.94
总 Rg total_rg22.84
总原子数 total_atoms2554
残基数 n_residues328
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.8
Rg (实空间) rg_real22.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real2.2970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22970000.0000
解质量估计 total_estimate0.6784
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness0.281
峰度 Kurtosis kurtosis-0.389
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16130000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.978

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8aakA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id8aakA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id8aakB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id8aakB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)