SAXSdb — 8agg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–570	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%	分辨率 3.60 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8AGG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8ALK Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1 提交 2022-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–486（466 aa）	突变：T391C, C395S, C134S, C209S, C456S	CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 OJU 2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%	分辨率 2.15 Å R-free 0.228
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEM3_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–572； UniProt 1–570

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8agg
沉积日期 deposition_date	2022-07-20
结构标题 title	Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3
关键词 keywords	Bacterial effector, dephosphocholinase, Legionella pneumophila, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.18 Å
零角强度 I(0) i0	49518900.00
分子量 molecular_weight	54598.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68234 Å³
包络体积 envelope_volume	88883 Å³
水化壳体积 shell_volume	27995 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.79 Å
包络 Rg envelope_rg	30.28 Å
形状 Rg shape_rg	29.19 Å
总 Rg total_rg	29.52 Å
总原子数 total_atoms	3843
残基数 n_residues	489
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7093
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.792
峰度 Kurtosis kurtosis	0.385
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.354; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.258; Smooth: 0.899

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphocholine hydrolase Lem3
分子量 formula_weight	65020.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3843

GHMKLRYIINENKLVFTSCNMRDKIITGKKIIFSQSVAKDQTKNLSSFLSERFYSVNQSHNHSIIIGSSLSHQENDIEHDTILDTSGVLVTTDTNGIVNGARVAITDGLGGGNGDQEEDDEIYRVSHSSCENFLNCDQNIDTTLSLITQPKASDKKQTAPKTLQHTEASMAAFIYQNHPGKGYIGEFANIGDGLIIILDKRFKIKHMVSACHIYRGFGTWTPPSLQALATTANKDALLVRQTLKLAEGDIIISMTDGVWGELKTSLIAQTNDRRDIGVDKEYFKTLFDELTDAPYPSSFDIARIITQRAMSRSLERRKTLIKLINEIEQQHFHEKSVKTINEVLEYFIKTGHVETAQTLKAILFEDGLSDGITYFENIEIPLEMVMHDLKSRTVGDCSTINVTRIPYHLDELIRGFINYPEKHQILAPLFKARVKSEADLEEAFHRLSLEMVQPEIECPISETHFERAFKKETLDKTQAVLTHYFRISTGLDSKKNYQERLNDLSAYLSKESSLEKNDIKLLLSMLDSEIKPKTGVFQTLFGENQNKLYKAFHKKIELQLLDSEIENKNELK

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.022 Å
晶胞边长 b length_b	78.022 Å
晶胞边长 c length_c	382.014 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	66.540 Å
R 因子 r_factor	0.2643
R_work r_work	0.2626
R_free r_free	0.2988

fit	/app/data/saxs_computation/ag/8agg/8agg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ag/8agg/8agg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ag/8agg/8agg.dat

Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)