SAXSdb — 8alk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） CALCIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ;2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEM3_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–469； UniProt 21–486

Ras-related protein Rab-1B

Homo sapiens

UniProt Q9H0U4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phosphocholine hydrolase Lem3 × 1 （Q5ZXN5） CALCIUM ION × 4 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ;2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–175； UniProt 3–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8alk
沉积日期 deposition_date	2022-08-01
结构标题 title	Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1
关键词 keywords	Bacterial effector, dephosphocholinase, Legionella pneumophila, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8alk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8alk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8alk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.12 Å
Rg（电子密度）	28.79 Å
总 Rg	29.20 Å
原子数	4856
残基数	610
排除体积	86435 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8alk__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphocholine hydrolase Lem3
分子量 formula_weight	52900.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.-
突变 mutation	T391C, C395S, C134S, C209S, C456S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4940

GHMDKIITGKKIIFSQSVAKDQTKNLSSFLSERFYSVNQSHNHSIIIGSSLSHQENDIEHDTILDTSGVLVTTDTNGIVNGARVAITDGLGGGNGDQEEDDEIYRVSHSSCENFLNSDQNIDTTLSLITQPKASDKKQTAPKTLQHTEASMAAFIYQNHPGKGYIGEFANIGDGLIIILDKRFKIKHMVSASHIYRGFGTWTPPSLQALATTANKDALLVRQTLKLAEGDIIISMTDGVWGELKTSLIAQTNDRRDIGVDKEYFKTLFDELTDAPYPSSFDIARIITQRAMSRSLERRKTLIKLINEIEQQHFHEKSVKTINEVLEYFIKTGHVETAQTLKAILFEDGLSDGITYFENIEIPLEMVMHDLKSRCVGDCSTINVTRIPYHLDELIRGFINYPEKHQILAPLFKARVKSEADLEEAFHRLSLEMVQPEIESPISETHFERAFKKETLDKTQAVLTHYFRIS

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-1B
分子量 formula_weight	19725.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	S76T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPMPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSTYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium ;
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8alkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	119.332 Å
晶胞边长 b length_b	119.332 Å
晶胞边长 c length_c	79.058 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	103.340 Å
R 因子 r_factor	0.1837
R_work r_work	0.1813
R_free r_free	0.2275

Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rab-1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8alk__assembly_1__model_1

8alk__assembly_1__model_1 | I(q)

8alk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related protein Rab-1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8alk__assembly_1__model_1

8alk__assembly_1__model_1 | I(q)

8alk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)