SAXSdb — 8alk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–486	突变：T391C, C395S, C134S, C209S, C456S	Ras-related protein Rab-1B × 1 （Q9H0U4） CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 OJU 2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%	分辨率 2.15 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8ALK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8AGG Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 提交 2022-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–570（570 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%	分辨率 3.60 Å R-free 0.299
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230
8ANP Legionella effector Lem3 mutant D190A in complex with Mg2+ 提交 2022-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 21–486（466 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES; 30% PEG 300	分辨率 2.20 Å R-free 0.230

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEM3_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–469； UniProt 21–486

Ras-related protein Rab-1B

Homo sapiens

UniProt Q9H0U4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 3–174	突变：S76T	Phosphocholine hydrolase Lem3 × 1 （Q5ZXN5） CA CALCIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 OJU 2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%	分辨率 2.15 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8ALK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JZA Crystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；292 K；0.1 M Sodium citrate, 35% v/v PEG 600, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3NKV Crystal structure of Rab1b covalently modified with AMP at Y77 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–174（172 aa）片段：Rab1b-AMP	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BA BARIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；15% (v/v) isopropanol, 15% (w/v) PEG4000, 0.1 M imidazole, 10 mM BaCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.187
3NKV Crystal structure of Rab1b covalently modified with AMP at Y77 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–174（172 aa）片段：Rab1b-AMP	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BA BARIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；15% (v/v) isopropanol, 15% (w/v) PEG4000, 0.1 M imidazole, 10 mM BaCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.187
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 3–174（172 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4HLQ Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens 提交 2012-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 3–174（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 3–174（172 aa）片段：UNP residues 3-174	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–174（172 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–174（172 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 3–174（172 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 3–174（172 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 3–174（172 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 3–174（172 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5SZH Structure of human Rab1b in complex with the bMERB domain of Mical-cL 提交 2016-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-22% PEG3350 0.1M bis-Tris Propane 0.2M tri-Sodium Citrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.207
5SZK Structure of human N-terminally engineered Rab1b in complex with the bMERB domain of Mical-cL 提交 2016-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–201（201 aa）	突变：N2A, P3K, E4T	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M bis-tris pH 7.5, 0.2M sodium malonate and 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
6SKU Legionella effector AnkX in complex with human Rab1b 提交 2019-08-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–174（172 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.5 M Sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.288

共 8 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–175； UniProt 3–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8alk
沉积日期 deposition_date	2022-08-01
结构标题 title	Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1
关键词 keywords	Bacterial effector, dephosphocholinase, Legionella pneumophila, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.79 Å
零角强度 I(0) i0	77064500.00
分子量 molecular_weight	69083.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86435 Å³
包络体积 envelope_volume	106990 Å³
水化壳体积 shell_volume	32533 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.50 Å
包络 Rg envelope_rg	29.00 Å
形状 Rg shape_rg	28.83 Å
总 Rg total_rg	29.20 Å
总原子数 total_atoms	4856
残基数 n_residues	610
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8330
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.574
峰度 Kurtosis kurtosis	0.027
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.659; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphocholine hydrolase Lem3
分子量 formula_weight	52900.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.-
突变 mutation	T391C, C395S, C134S, C209S, C456S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4940

GHMDKIITGKKIIFSQSVAKDQTKNLSSFLSERFYSVNQSHNHSIIIGSSLSHQENDIEHDTILDTSGVLVTTDTNGIVNGARVAITDGLGGGNGDQEEDDEIYRVSHSSCENFLNSDQNIDTTLSLITQPKASDKKQTAPKTLQHTEASMAAFIYQNHPGKGYIGEFANIGDGLIIILDKRFKIKHMVSASHIYRGFGTWTPPSLQALATTANKDALLVRQTLKLAEGDIIISMTDGVWGELKTSLIAQTNDRRDIGVDKEYFKTLFDELTDAPYPSSFDIARIITQRAMSRSLERRKTLIKLINEIEQQHFHEKSVKTINEVLEYFIKTGHVETAQTLKAILFEDGLSDGITYFENIEIPLEMVMHDLKSRCVGDCSTINVTRIPYHLDELIRGFINYPEKHQILAPLFKARVKSEADLEEAFHRLSLEMVQPEIESPISETHFERAFKKETLDKTQAVLTHYFRIS

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-1B
分子量 formula_weight	19725.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	S76T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPMPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSTYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium ;
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8alkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.332 Å
晶胞边长 b length_b	119.332 Å
晶胞边长 c length_c	79.058 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	103.340 Å
R 因子 r_factor	0.1837
R_work r_work	0.1813
R_free r_free	0.2275

fit	/app/data/saxs_computation/al/8alk/8alk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/al/8alk/8alk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/al/8alk/8alk.dat

Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphocholine hydrolase Lem3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rab-1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)