8aq6

NanoLuc luciferase with bound furimamide in surface allosteric site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NanoLuc luciferase

Oplophorus gracilirostris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–196	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 28–196	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 28–196	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 28–196	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 28–196	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 28–196	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 28–196	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 NT0 N-(3-Benzyl-5-phenylpyrazin-2-yl)-2-(furan-2-yl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 28–196	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；200 mM MgCl2, 100 mM KCl, 25 mM Na acetate pH = 4.0, PEG 400	分辨率 1.69 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8AQ6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5B0U Crystal structure of the mutated 19 kDa protein of Oplophorus luciferase (nanoKAZ) 提交 2015-11-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K,I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.1 M di-ammonium tartrate	分辨率 1.71 Å R-free 0.226
5B0U Crystal structure of the mutated 19 kDa protein of Oplophorus luciferase (nanoKAZ) 提交 2015-11-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K,I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.1 M di-ammonium tartrate	分辨率 1.71 Å R-free 0.226
5IBO 1.95A resolution structure of NanoLuc luciferase 提交 2016-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）片段：Full Length	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	DKA DECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium nitrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.250
5IBO 1.95A resolution structure of NanoLuc luciferase 提交 2016-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）片段：Full Length	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	DKA DECANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium nitrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.250
7SNR 2.00A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.0 M ammonium citrate dibasic, 0.1 M sodium acetate trihydrate	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
7SNR 2.00A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.0 M ammonium citrate dibasic, 0.1 M sodium acetate trihydrate	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
7SNS 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane	分辨率 1.55 Å R-free 0.189
7SNS 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane	分辨率 1.55 Å R-free 0.189
7SNS 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane	分辨率 1.55 Å R-free 0.189
7SNS 1.55A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane	分辨率 1.55 Å R-free 0.189
7SNT 2.20A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Substrate Analog 3-methoxy-furimazine 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	9Z5 (4S)-8-benzyl-2-[(furan-2-yl)methyl]-3-methoxy-6-phenylimidazo[1,2-a]pyrazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.0 M sodium citrate dibasic, 0.1 M Tris, 0.2 M NaCl	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
7SNT 2.20A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Substrate Analog 3-methoxy-furimazine 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.0 M sodium citrate dibasic, 0.1 M Tris, 0.2 M NaCl	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
7SNW 1.80A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Inhibitor PC 16026576 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 9YR 2-(methoxycarbonyl)thiophene-3-sulfonic acid × 1 9Y4 N-[(4-methylphenyl)methyl]-N~2~-phenylglycinamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.8 M Magnesium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane	分辨率 1.80 Å R-free 0.175
7SNW 1.80A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Inhibitor PC 16026576 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 9YR 2-(methoxycarbonyl)thiophene-3-sulfonic acid × 1 9Y4 N-[(4-methylphenyl)methyl]-N~2~-phenylglycinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.8 M Magnesium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane	分辨率 1.80 Å R-free 0.175
7SNW 1.80A Resolution Structure of NanoLuc Luciferase with Bound Inhibitor PC 16026576 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 28–196（169 aa）	突变：A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 9YR 2-(methoxycarbonyl)thiophene-3-sulfonic acid × 1 9Y4 N-[(4-methylphenyl)methyl]-N~2~-phenylglycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.8 M Magnesium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane	分辨率 1.80 Å R-free 0.175
7SNX 1.70A Resolution Structure of NanoBiT Complementation Reporter Complex of LgBit and SmBiT Subunits 提交 2021-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–183（156 aa）片段：M-1 to S157 链 B 185–195（11 aa）	突变：;A4E, Q11E, G15A, Q18L, L27V, F31L, A33N, G35A, K43R, V44I, L46R, G51A, A54I, G67A, F68D, G71A, L72Q, M75E, I76V, I90V, H93P, I107L, D108N, P115E, Q124K, Y138I, N144T, L149M, G157S ; 突变：W161Y, C164F, N166E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；1.5 M Na/K Phosphate, 4 (v/v) % 1,3-propanediol	分辨率 1.70 Å R-free 0.178
7SNY 2.10A Resolution Structure of NanoBiT Complementation Reporter Large Subunit LgBiT 提交 2021-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–183（156 aa）片段：M-1 to S157	突变：;A4E, Q11E, G15A, Q18L, L27V, F31L, A33N, G35A, K43R, V44I, L46R, G51A, A54I, G67A, F68D, G71A, L72Q, M75E, I76V, I90V, H93P, I107L, D108N, P115E, Q124K, Y138I, N144T, L149M, G157S ;	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；15% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 2% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.10 Å R-free 0.277
8AQH NanoLuc-Y94A luciferase mutant 提交 2022-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	突变：Y94A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 2.80 Å R-free 0.305
8AQH NanoLuc-Y94A luciferase mutant 提交 2022-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	突变：Y94A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 2.80 Å R-free 0.305
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–196（169 aa）	未记录	CEI N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–196（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 28–196（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 28–196（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 28–196（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 28–196（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 28–196（169 aa）	未记录	CEI N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8AQI NanoLuc luciferase with bound coelenteramide in surface allosteric site 提交 2022-08-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 28–196（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293.15 K；MgCl2, KCl, Na acetate, PEG-400	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
8HCQ Cryo-EM structure of endothelin1-bound ETAR-Gq complex 提交 2022-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 27–184（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8HCX Cryo-EM structure of Endothelin1-bound ETBR-Gq complex 提交 2022-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 27–184（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8HNK CXCR3-DNGi complex activated by CXCL11 提交 2022-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 27–184（158 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8HNL CXCR3-DNGi complex activated by PS372424 提交 2022-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 27–184（158 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 4AI (3S)-N-[(2S)-5-carbamimidamido-1-(cyclohexylmethylamino)-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-2-(4-oxidanylidene-4-phenyl-butanoyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinoline-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
8HNM CXCR3-DNGi complex activated by VUF11222 提交 2022-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 27–184（158 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 4IE [4-(2-bromophenyl)phenyl]methyl-[[(1R,5S)-6,6-dimethyl-2-bicyclo[3.1.1]hept-2-enyl]methyl]-dimethyl-azanium × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8JPN Cryo-EM structure of succinate receptor bound to cis-epoxysuccinic acid coupling to Gi 提交 2023-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 28–184（157 aa）	未记录	U9S (2R,3S)-oxirane-2,3-dicarboxylic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8K2X CXCR3-DNGi complex activated by CXCL10 提交 2023-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 27–184（158 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9K07 Cryo-EM structure of the DSO-5a-bound human BRS3-Gq complex 提交 2024-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 28–183（156 aa）	未记录	A1EL6 [(1~{S})-1-[1,4-dimethoxy-8-nitroso-5-(oxidanylamino)naphthalen-2-yl]-2,2-dimethyl-but-3-enyl] furan-2-carboxylate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9LWP Cryo-EM structure of the unliganded human BRS3-Gq complex 提交 2025-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 28–183（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
9UPU Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with agonist SDV1a 提交 2025-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 32–183（152 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9UPV Cryo-EM structure of CXCR4 complexed with agonist SDVX1 提交 2025-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 32–183（152 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 21 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUCI_OPLGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 B； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 C； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 D； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 E； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 F； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 G； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 H； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8aq6
沉积日期 deposition_date	2022-08-11
结构标题 title	NanoLuc luciferase with bound furimamide in surface allosteric site
关键词 keywords	Luciferase, NanoLuc, NLuc, luciferin, furimazine, LUMINESCENT PROTEIN; LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.95 Å
零角强度 I(0) i0	334761000.00
分子量 molecular_weight	155700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	197270 Å³
包络体积 envelope_volume	262550 Å³
水化壳体积 shell_volume	53663 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.6 Å
壳层 Rg shell_rg	46.88 Å
包络 Rg envelope_rg	39.16 Å
形状 Rg shape_rg	39.94 Å
总 Rg total_rg	40.35 Å
总原子数 total_atoms	10965
残基数 n_residues	1368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.8 Å
Rg (实空间) rg_real	40.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	334800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9007
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.079
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.855
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	59020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.921

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NanoLuc luciferase
分子量 formula_weight	20389.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.12.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	11762

MHHHHHHSDNMVFTLEDFVGDWRQTAGYNLDQVLEQGGVSSLFQNLGVSVTPIQRIVLSGENGLKIDIHVIIPYEGLSGDQMGQIEKIFKVVYPVDDHHFKVILHYGTLVIDGVTPNMIDYFGRPYEGIAVFDGKKITVTGTLWNGNKIIDERLINPDGSLLFRVTINGVTGWRLCERILA

来源 Source

来源生物 organism	Oplophorus gracilirostris
通用名 common_name	Luminous shrimp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727944
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-(3-Benzyl-5-phenylpyrazin-2-yl)-2-(furan-2-yl)acetamide
分子量 formula_weight	369.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	770

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8aq6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.910 Å
晶胞边长 b length_b	87.489 Å
晶胞边长 c length_c	191.761 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	47.940 Å
R 因子 r_factor	0.1369
R_work r_work	0.1345
R_free r_free	0.1827

fit	/app/data/saxs_computation/aq/8aq6/8aq6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aq/8aq6/8aq6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aq/8aq6/8aq6.dat