8aq6

NanoLuc luciferase with bound furimamide in surface allosteric site

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NanoLuc luciferase

Oplophorus gracilirostris

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 OXYGEN MOLECULE × 1 CHLORIDE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CHLORIDE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CHLORIDE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 4 N-(3-Benzyl-5-phenylpyrazin-2-yl)-2-(furan-2-yl)acetamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUCI_OPLGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 B； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 C； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 D； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 E； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 F； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 G； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196 作者链 H； PDB构建体 13–181； UniProt 28–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8aq6
沉积日期 deposition_date	2022-08-11
结构标题 title	NanoLuc luciferase with bound furimamide in surface allosteric site
关键词 keywords	Luciferase, NanoLuc, NLuc, luciferin, furimazine, LUMINESCENT PROTEIN; LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8aq6__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8aq6__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8aq6__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.20 Å
Rg（电子密度）	15.89 Å
总 Rg	17.07 Å
原子数	1364
残基数	171
排除体积	24540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8aq6__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8aq6__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8aq6__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8aq6__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`8aq6__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`8aq6__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`8aq6__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`8aq6__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NanoLuc luciferase
分子量 formula_weight	20389.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.12.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	11762

MHHHHHHSDNMVFTLEDFVGDWRQTAGYNLDQVLEQGGVSSLFQNLGVSVTPIQRIVLSGENGLKIDIHVIIPYEGLSGDQMGQIEKIFKVVYPVDDHHFKVILHYGTLVIDGVTPNMIDYFGRPYEGIAVFDGKKITVTGTLWNGNKIIDERLINPDGSLLFRVTINGVTGWRLCERILA

来源 Source

来源生物 organism	Oplophorus gracilirostris
通用名 common_name	Luminous shrimp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727944
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-(3-Benzyl-5-phenylpyrazin-2-yl)-2-(furan-2-yl)acetamide
分子量 formula_weight	369.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	770

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8aq6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	8aq6H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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晶胞边长 a length_a	86.910 Å
晶胞边长 b length_b	87.489 Å
晶胞边长 c length_c	191.761 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	47.940 Å
R 因子 r_factor	0.1369
R_work r_work	0.1345
R_free r_free	0.1827

NanoLuc luciferase with bound furimamide in surface allosteric site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NanoLuc luciferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8aq6__assembly_3__model_1

8aq6__assembly_3__model_1 | I(q)

8aq6__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

NanoLuc luciferase with bound furimamide in surface allosteric site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NanoLuc luciferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8aq6__assembly_3__model_1

8aq6__assembly_3__model_1 | I(q)

8aq6__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)