8asj

Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - focussed refinement in the b-c conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cytochrome b × 2 （Q3IY10） Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） Cytochrome b-c1 subunit IV × 2 （Q3J2Z2） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 12 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 2 UBIQUINONE-10 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3IY09_CERS4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 E； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187

Cytochrome b

物种未注明

UniProt Q3IY10

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q3IY09） Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） Cytochrome b-c1 subunit IV × 2 （Q3J2Z2） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 12 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 2 UBIQUINONE-10 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3IY10_CERS4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 F； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

Cytochrome c1

物种未注明

UniProt Q3IY11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q3IY09） Cytochrome b × 2 （Q3IY10） Cytochrome b-c1 subunit IV × 2 （Q3J2Z2） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 12 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 2 UBIQUINONE-10 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3IY11_CERS4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–285； UniProt 1–285 作者链 G； PDB构建体 1–285； UniProt 1–285

Cytochrome b-c1 subunit IV

物种未注明

UniProt Q3J2Z2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （Q3IY09） Cytochrome b × 2 （Q3IY10） Cytochrome c1 × 2 （Q3IY11） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 12 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 2 UBIQUINONE-10 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3J2Z2_CERS4
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 H； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8asj
沉积日期 deposition_date	2022-08-19
结构标题 title	Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - focussed refinement in the b-c conformation
关键词 keywords	cyt bc1 complex III membrane protein electron transport quinone cytochrome, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8asj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8asj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8asj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.50 Å
Rg（电子密度）	37.99 Å
总 Rg	38.51 Å
原子数	14720
残基数	1789
排除体积	266030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8asj__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	19928.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14720

MSNAEDHAGTRRDFLYYATAGAGAVATGAAVWPLINQMNPSADVQALASIFVDVSSVEPGVQLTVKFLGKPIFIRRRTEADIELGRSVQLGQLVDTNARNANIDAGAEATDQNRTLDEAGEWLVMWGVCTHLGCVPIGGVSGDFGGWFCPCHGSHYDSAGRIRKGPAPENLPIPLAKFIDETTIQLG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	50087.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGIPHDHYEPRTGIEKWLHSRLPIVALAYDTIMIPTPRNLNWMWIWGVVLAFCLVLQIVTGIVLAMHYTPHVDLAFASVEHIMRNVNGGFMLRYLHANGASLFFIAVYLHIFRGLYYGSYKAPREVTWIVGMLIYLAMMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITGLFGAIPGIGHSIQTWLLGGPAVDNATLNRFFSLHYLLPFVIAALVAIHIWAFHSTGNNNPTGVEVRRTSKAEAQKDTVPFWPYFIIKDVFALAVVLLVFFAIVGFMPNYLGHPDNYIEANPLSTPAHIVPEWYFLPFYAILRAFTADVWVVQIANFISFGIIDAKFFGVLAMFGAILVMALVPWLDTSPVRSGRYRPMFKIYFWLLAADFVILTWVGAQQTTFPYDWISLIASAYWFAYFLVILPILGAIEKPVAPPATIEEDFNAHYSPATGGTKTVVAE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	30661.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MIRKLTLTAATALALSGGAAMAAGGGHVEDVPFSFEGPFGTFDQHQLQRGLQVYTEVCAACHGMKFVPIRSLSEPGGPELPEDQVRAYATQFTVTDEETGEDREGKPTDHFPHSALENAPDLSLMAKARAGFHGPMGTGISQLFNGIGGPEYIYSVLTGFPEEPPKCAEGHEPDGFYYNRAFQNGSVPDTCKDANGVKTTAGSWIAMPPPLMDDLVEYADGHDASVHAMAEDVSAFLMWAAEPKLMARKQAGFTAVMFLTVLSVLLYLTNKRLWAGVKGKKKTNV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 subunit IV
分子量 formula_weight	14415.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MFSFIDDIPSFEQIKARVRDDLRKHGWEKRWNDSRLVQKSRELLNDEELKIDPATWIWKRMPSREEVAARRQRDFETVWKYRYRLGGFASGALLALALAGIFSTGNFGGSSDAGNRPSVVYPIE

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8asjA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	8asjB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	8asjF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72118

Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - focussed refinement in the b-c conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome b-c1 subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8asj__assembly_1__model_1

8asj__assembly_1__model_1 | I(q)

8asj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Four subunit cytochrome b-c1 complex from Rhodobacter sphaeroides in native nanodiscs - focussed refinement in the b-c conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8asj__assembly_1__model_1

8asj__assembly_1__model_1 | I(q)

8asj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)