8awp

Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant 208 (V19I/R23H/M38I/I60F/C106Q)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cupin_2 domain-containing protein

Thermotoga maritima

UniProt Q9X1H0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–114 链 B; UniProt 1–114 突变:V19I, R23H, M38I, I60F, C106Q 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;289 K;14.2 mg/ml protein concentration 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5 分辨率 1.59 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9X1H0_THEMA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 1–114 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8awp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8awp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8awp
沉积日期 deposition_date2022-08-30
结构标题 titleCrystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant 208 (V19I/R23H/M38I/I60F/C106Q)
关键词 keywordscupin, alkene cleavage, amino acid oxidation, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.45
零角强度 I(0) i010499200.00
分子量 molecular_weight25067.0 kDa
排除体积 excluded_volume31826 ų
包络体积 envelope_volume36127 ų
水化壳体积 shell_volume17433 ų
包络直径 envelope_diameter60.5
壳层 Rg shell_rg23.42
包络 Rg envelope_rg17.63
形状 Rg shape_rg17.41
总 Rg total_rg18.56
总原子数 total_atoms1777
残基数 n_residues215
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.6
Rg (实空间) rg_real18.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real1.0500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.214
峰度 Kurtosis kurtosis-0.388
角度范围 angular_range— – 0.4200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1967000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)