8b01

Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in a nanodisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component

Photobacterium profundum SS9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component × 1 （Q6LPW1） Megabody c7HopQ × 1 （B5Z8H1） N-OCTANE × 6 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 DOCOSANE × 1 DECANE × 2 SODIUM ION × 2 TRIDECANE × 1 HEXANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6LPW0_PHOPR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component

Photobacterium profundum SS9

UniProt Q6LPW1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component × 1 （Q6LPW0） Megabody c7HopQ × 1 （B5Z8H1） N-OCTANE × 6 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 DOCOSANE × 1 DECANE × 2 SODIUM ION × 2 TRIDECANE × 1 HEXANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6LPW1_PHOPR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

Megabody c7HopQ

synthetic construct

UniProt B5Z8H1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component × 1 （Q6LPW0） Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component × 1 （Q6LPW1） N-OCTANE × 6 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 DOCOSANE × 1 DECANE × 2 SODIUM ION × 2 TRIDECANE × 1 HEXANE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B5Z8H1_HELPG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 13–233； UniProt 226–446

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8b01
沉积日期 deposition_date	2022-09-06
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in a nanodisc
关键词 keywords	TRAP, elevator, secondary transporter, sialic acid, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8b01__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8b01__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8b01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.57 Å
Rg（电子密度）	27.46 Å
总 Rg	28.30 Å
原子数	5478
残基数	684
排除体积	102150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8b01__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component
分子量 formula_weight	19748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5478

MFRKIIDNIEEIITVPLMIALLCILTWQISSRWLFDSPSLWSEELARVLFLHMAIIGGAIAIKKDDHVKITFFSDKLPRNFRYSLLFALELLVLITIVAMIYYGYAHVQRTAFFELITLGISSSWMTYALPVGGCFMLVRQCQKLYFVLIDWRINENKNTSHLTACDINE

来源 Source

来源生物 organism	Photobacterium profundum SS9
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	298386
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component
分子量 formula_weight	45573.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFTSIVGWLGLLFAGMPVGFSLIFVGLAFLVLTESTGINFAAQQMIGGLDNFTLLAVPFFVLTGHLMNSAGITERIFNFAKAMVGHITGSLGHVNILASLLFSGMSGSALADAGGLGQLEIKSMRDAKYDDDFAGGLTAASCIIGPLVPPSIPLVIYGVVSNTSIGALFLAGAIPGLLCCIALCIMTYFIAKKRGYMTLPRASRKERLIAFRDAFLSLLTPFIIIGGIFSGKFTPTEAAIISSLYALFLGTVVYKSLTMDKFIKLVQETVTTTSVVALMVMGVTVFGWIVAREQLPQQLAELFLSISDNPLILLLLINLLLLFLGTFIESLALLLLLVPFLVPVATSVGIDPVHFGVMAILNLMIGILTPPMGMALYVVSKVGNIPFHVLTRGVLPLLVPLFIVLGLIIVFPQITLFLPQLVLGYGL

来源 Source

来源生物 organism	Photobacterium profundum SS9
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	298386
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Megabody c7HopQ
分子量 formula_weight	54867.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLQESGGGLVQTKTTTSVIDTTNDAQNLLTQAQTIVNTLKDYCPILIAKSSSSNGGTNNANTPSWQTAGGGKNSCATFGAEFSAASDMINNAQKIVQETQQLSANQPKNITQPHNLNLNSPSSLTALAQKMLKNAQSQAEILKLANQVESDFNKLSSGHLKDYIGKCDASAISSANMTMQNQKNNWGNGCAGVEETQSLLKTSAADFNNQTPQINQAQNLANTLIQELGNNDTYEQLSRLLTNDNGTNSKTSAQAINQAVNNLNERAKTLAGGTTNSPAYQATLLALRSVLGLWNSMGYAVICGGYTKSPGENNQKDFHYTDENGNGTTINCGGSTNSNGTHSYNGTNTLKADKNVSLSIEQYEKIHEAYQILSKALKQAGLAPLNSKGEKLEAHVTTSKYAGGSLRLSCAASGNIFDRGYMGWYRQAPGKERELVAGISYGGSTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAYPLYDDPYYYWGQGTQVTVSSLE

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DOCOSANE
分子量 formula_weight	310.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TRIDECANE
分子量 formula_weight	184.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	HEXANE
分子量 formula_weight	86.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	499085

Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in a nanodisc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Megabody c7HopQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b01__assembly_1__model_1

8b01__assembly_1__model_1 | I(q)

8b01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in a nanodisc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Megabody c7HopQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b01__assembly_1__model_1

8b01__assembly_1__model_1 | I(q)

8b01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)