8b7u

Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chalcone isomerase

Eubacterium ramulus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	(2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 CHLORIDE ION × 18 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 2 POTASSIUM ION × 1 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	(2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 CHLORIDE ION × 16 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 4 POTASSIUM ION × 5 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	(2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 11 CHLORIDE ION × 13 SULFATE ION × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V9P0A9_EUBRA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 C； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 D； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 E； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 F； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 G； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 H； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 I； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 J； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 K； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 L； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 M； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 N； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 O； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 P； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 Q； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 R； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8b7u
沉积日期 deposition_date	2022-10-03
结构标题 title	Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin
关键词 keywords	ISOMERASE, BACTERIAL CHALCONE ISOMERASE, FLAVONOIDS, Taxifoline; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8b7u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8b7u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8b7u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.74 Å
Rg（电子密度）	33.89 Å
总 Rg	34.66 Å
原子数	13026
残基数	1553
排除体积	232980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8b7u__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8b7u__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8b7u__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chalcone isomerase
分子量 formula_weight	32470.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.5.1.6
突变 mutation	H33A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	39179

MADFKFEPMRSLIYVDCVSEDYRPKLQRWIYKVAIPDSISQFEPYVTKYAFYPSFPIPPQGDRFGYARMQLTEHHWLVSDLDPRLEIKAIAETFPMDVLVWQGQIPAAAHTDAQIDSDGDAGNAARKSNNAEGNPFIFAFLPMWWEKDLKGKGRTIEDGANYRFNMTIGFPEGVDKAEGEKWLFEKVVPILQAAPECTRVLASAVKKDINGCVMDWVLEIWFENQSGWYKVMVDDMKALEKPSWAQQDAFPFLKPYHNVCSAAVADYTPSNNLANYRGYITMR

来源 Source

来源生物 organism	Eubacterium ramulus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39490
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE
分子量 formula_weight	304.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	47

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

▶

晶胞边长 a length_a	187.582 Å
晶胞边长 b length_b	203.736 Å
晶胞边长 c length_c	560.388 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	144

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.423 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2134
R_free r_free	0.2245

Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chalcone isomerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b7u__assembly_1__model_1

8b7u__assembly_1__model_1 | I(q)

8b7u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)

Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chalcone isomerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b7u__assembly_1__model_1

8b7u__assembly_1__model_1 | I(q)

8b7u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)