8bub

Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cyclin-dependent kinase 12 × 1 （Q9NYV4） Cyclin-K × 1 （O75909） CITRIC ACID × 2 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cyclin-dependent kinase 12 × 1 （Q9NYV4） Cyclin-K × 1 （O75909） CITRIC ACID × 3 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cyclin-dependent kinase 12 × 1 （Q9NYV4） Cyclin-K × 1 （O75909） CITRIC ACID × 2 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–399； UniProt 1–395 作者链 A； PDB构建体 409–840； UniProt 709–1140 作者链 D； PDB构建体 5–399； UniProt 1–395 作者链 D； PDB构建体 409–840； UniProt 709–1140 作者链 G； PDB构建体 5–399； UniProt 1–395 作者链 G； PDB构建体 409–840； UniProt 709–1140

Cyclin-dependent kinase 12

Homo sapiens

UniProt Q9NYV4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Cyclin-K × 1 （O75909） CITRIC ACID × 2 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Cyclin-K × 1 （O75909） CITRIC ACID × 3 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Cyclin-K × 1 （O75909） CITRIC ACID × 2 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK12_HUMAN
Isoform	Q9NYV4-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–343； UniProt 712–1051 作者链 E； PDB构建体 4–343； UniProt 712–1051 作者链 H； PDB构建体 4–343； UniProt 712–1051

Cyclin-K

Homo sapiens

UniProt O75909

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Cyclin-dependent kinase 12 × 1 （Q9NYV4） CITRIC ACID × 2 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Cyclin-dependent kinase 12 × 1 （Q9NYV4） CITRIC ACID × 3 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Cyclin-dependent kinase 12 × 1 （Q9NYV4） CITRIC ACID × 2 ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNK_HUMAN
Isoform	O75909-4
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–271； UniProt 1–267 作者链 F； PDB构建体 5–271； UniProt 1–267 作者链 I； PDB构建体 5–271； UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bub
沉积日期 deposition_date	2022-11-30
结构标题 title	Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K
关键词 keywords	kinase, cyclin, ubiquitin, degrader, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8bub__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8bub__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8bub__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.67 Å
Rg（电子密度）	38.27 Å
总 Rg	38.62 Å
原子数	22516
残基数	1403
排除体积	201900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8bub__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8bub__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8bub__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA damage-binding protein 1
分子量 formula_weight	93675.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	67518

GGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGGNGNSGEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 12
分子量 formula_weight	40143.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

GGGRRQTESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIRLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cyclin-K
分子量 formula_weight	31700.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

GGGRMKENKENSSPSVTSANLDHTKPCWYWDKKDLAHTPSQLEGLDPATEARYRREGARFIFDVGTRLGLHYDTLATGIIYFHRFYMFHSFKQFPRYVTGACCLFLAGKVEETPKKCKDIIKTARSLLNDVQFGQFGDDPKEEVMVLERILLQTIKFDLQVEHPYQFLLKYAKQLKGDKNKIQKLVQMAWTFVNDSLCTTLSLQWEPEIIAVAVMYLAGRLCKFEIQEWTSKPMYRRWWEQFVQDVPVDVLEDICHQILDLYSQGKQQMPH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	339.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	8bubA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8bubA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8bubA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	910 —

结构域编号 domain_id	8bubB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	8bubB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	8bubD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8bubD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8bubD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	910 —

结构域编号 domain_id	8bubE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	8bubE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	8bubG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8bubG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8bubG03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	910 —

结构域编号 domain_id	8bubH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	8bubH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	247.861 Å
晶胞边长 b length_b	247.861 Å
晶胞边长 c length_c	220.715 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.420 Å
最低分辨率 resolution_low	60.040 Å
R 因子 r_factor	0.2131
R_work r_work	0.2118
R_free r_free	0.2370

Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-dependent kinase 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8bub__assembly_3__model_1

8bub__assembly_3__model_1 | I(q)

8bub__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-dependent kinase 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8bub__assembly_3__model_1

8bub__assembly_3__model_1 | I(q)

8bub__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)