8bw9

Cryo-EM structure of the RAF activating complex KSR-MEK-CNK-HYP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein aveugle

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Connector enhancer of KSR protein CNK × 1 （Q7KNQ9） Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1 × 1 （Q24324） KSR × 1 （Q24170） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 Trametinib × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVE_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–110； UniProt 2–106

Connector enhancer of KSR protein CNK

Drosophila melanogaster

UniProt Q7KNQ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein aveugle × 1 （Q8ML92） Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1 × 1 （Q24324） KSR × 1 （Q24170） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 Trametinib × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7KNQ9_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–335； UniProt 1–330

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1

Drosophila melanogaster

UniProt Q24324

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein aveugle × 1 （Q8ML92） Connector enhancer of KSR protein CNK × 1 （Q7KNQ9） KSR × 1 （Q24170） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 Trametinib × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSOR1_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–396； UniProt 1–396

KSR

Drosophila melanogaster

UniProt Q24170

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein aveugle × 1 （Q8ML92） Connector enhancer of KSR protein CNK × 1 （Q7KNQ9） Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1 × 1 （Q24324） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 Trametinib × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q24170_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–316； UniProt 654–966

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bw9
沉积日期 deposition_date	2022-12-06
结构标题 title	Cryo-EM structure of the RAF activating complex KSR-MEK-CNK-HYP
关键词 keywords	;Kinase suppressor of Ras (KSR), Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase (MEK), Connector enhancer of KSR (CNK), Protein Aveugle (AVE), Hyphen protein (HYP), protein complex, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8bw9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8bw9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8bw9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.01 Å
Rg（电子密度）	29.94 Å
总 Rg	30.75 Å
原子数	6957
残基数	861
排除体积	124330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8bw9__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein aveugle
分子量 formula_weight	13143.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6957

GAMDPGEETINSTQNKTRTKTTRPKAVYLWTVSDVLKWYRRHCGEYTQYEQLFAQHDITGRALLRITDSSLQRMGVTDNRDREAIWREIVKQRLKTDIMEIRDMERLNIY

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Connector enhancer of KSR protein CNK
分子量 formula_weight	38534.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMDPMAYINIAEWTPDQVTDWIKGLDESMKGYLYEFSKQEIGGRALLNIRPYELENLGMLRIGHQEIVLEAVENLRNFHYHLKNDNLQFMALHVATAAKNLHRELARNHAESTKIDTRILHDITRTIATLKPLVGSLERTPFRKQEMYREYCGNVLKCGLELATIAHRDRFALQPVPAIRQSAERLENLANFVIQDISDPMVLQPASLNLVTLKKRESELGFNIESSYNGIHRVTDIKYNSPAHNSGKIEDGDEIVQINYQTVVGWQHRTVLEHLREALPDVVLTVKKRPKHTKMFGQIYMQPYRLPSKKRNMAARWAAQMPSPRAAFLTLDTE

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1
分子量 formula_weight	43926.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKNKLNLVLPPVNTEATVAAATVAPTPPFKTPSGTDTHSLLGKPKTSIDALTETLEGLDMGDTERKRIKMFLSQKEKIGELSDEDLEKLGELGSGNGGVVMKVRHTHTHLIMARKLIHLEVKPAIKKQILRELKVLHECNFPHIVGFYGAFYSDGEISICMEYMDGGSLDLILKRAGRIPESILGRITLAVLKGLSYLRDNHAIIHRDVKPSNILVNSSGEIKICDFGVSGQLIDSMANSFVGTRSYMSPERLQGTHYSVQSDIWSLGLSLVEMAIGMYPIPPPNTATLESIFADNAEESGQPTDEPRAMAIFELLDYIVNEPPPKLEHKIFSTEFKDFVDICLKKQPDERADLKTLLSHPWIRKAELEEVDISGWVCKTMDLPPSTPKRNTSPN

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	KSR
分子量 formula_weight	36474.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GGRTEDGDSGQWRQNSISLKEWDIPYGDLLLLERIGQGRFGTVHRALWHGDVAVKLLNEDYLQDEHMLETFRSEVANFKNTRHENLVLFMGACMNPPYLAIVTSLCKGNTLYTYIHQRREKFAMNRTLLIAQQIAQGMGYLHAREIIHKDLRTKNIFIENGKVIITDFGLFSSTKLLYCDMGLGVPHNWLCYLAPELIRALQPEKPRGECLEFTPYSDVYSFGTVWYELICGEFTFKDQPAESIIWQVGRGMKQSLANLQSGRDVKDLLMLCWTYEKEHRPQFARLLSLLEHLPKKRLARSPSHPVNLSRSAESVF

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	Trametinib
分子量 formula_weight	615.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	141531

Cryo-EM structure of the RAF activating complex KSR-MEK-CNK-HYP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein aveugle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Connector enhancer of KSR protein CNK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

KSR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8bw9__assembly_1__model_1

8bw9__assembly_1__model_1 | I(q)

8bw9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the RAF activating complex KSR-MEK-CNK-HYP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein aveugle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Connector enhancer of KSR protein CNK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

KSR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8bw9__assembly_1__model_1

8bw9__assembly_1__model_1 | I(q)

8bw9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)