SAXSdb — 8bwi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Twisted gastrulation protein homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–223	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.0 M K/Na tartrate, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 3.40 Å R-free 0.342

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BWI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8BWA Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with platinum 提交 2022-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–223（198 aa）	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.77 M LiCl, 15.5% w/v PEG 6000, 77 mM HEPES pH 7.0, 5.2% 2,2,2-trifluoroethanol. The crystal was soaked in saturated solution of di-mu-iodobis(ethylenediamine)diplatinum(2) nitrate (PIP) solution before data collection.	分辨率 3.61 Å R-free 0.390
8BWA Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with platinum 提交 2022-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–223（198 aa）	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.77 M LiCl, 15.5% w/v PEG 6000, 77 mM HEPES pH 7.0, 5.2% 2,2,2-trifluoroethanol. The crystal was soaked in saturated solution of di-mu-iodobis(ethylenediamine)diplatinum(2) nitrate (PIP) solution before data collection.	分辨率 3.61 Å R-free 0.390
8BWD Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 1 提交 2022-12-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–223（198 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.85 M LiCl, 17.1% w/v PEG 6000, 85 mM HEPES pH 7.0, 3.6% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.63 Å R-free 0.305
8BWD Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 1 提交 2022-12-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–223（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.85 M LiCl, 17.1% w/v PEG 6000, 85 mM HEPES pH 7.0, 3.6% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.63 Å R-free 0.305
8BWL Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–83（58 aa）链 D 26–83（58 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.212
8BWM Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4042 eV) 提交 2022-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–83（58 aa）链 D 26–83（58 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
8BWN Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4010 eV) 提交 2022-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–83（58 aa）链 D 26–83（58 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 100 mM CaCl2, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.283

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TWSG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–201； UniProt 26–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bwi
沉积日期 deposition_date	2022-12-06
结构标题 title	Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 2
关键词 keywords	;Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), Transforming Growth Factor beta (TGF-beta) signalling pathway, extracellular protein, disulfide rich domains., SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.71 Å
零角强度 I(0) i0	7258660.00
分子量 molecular_weight	18438.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22363 Å³
包络体积 envelope_volume	31169 Å³
水化壳体积 shell_volume	12896 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.66 Å
包络 Rg envelope_rg	22.17 Å
形状 Rg shape_rg	22.65 Å
总 Rg total_rg	23.43 Å
总原子数 total_atoms	2442
残基数 n_residues	166
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2590e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7258000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5063
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.935
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	932500.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.285; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.210; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.250 Å
晶胞边长 b length_b	92.250 Å
晶胞边长 c length_c	95.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	46.120 Å
R 因子 r_factor	0.2977
R_work r_work	0.2955
R_free r_free	0.3424

描述 description	Twisted gastrulation protein homolog 1
分子量 formula_weight	23569.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2442

Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Twisted gastrulation protein homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

fit	/app/data/saxs_computation/bw/8bwi/8bwi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/8bwi/8bwi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/8bwi/8bwi.dat