SAXSdb — 8bx1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SOX-2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 41–120	未记录	HOXB1_r × 1 HOXB1_f × 1 POU domain, class 5, transcription factor 1 × 1 （P20263）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 12% (v/v) PEG 4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BX1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GT0 Crystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex 提交 2002-01-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 41–120（80 aa）片段：HMG DOMAIN RESIDUES 41-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；18% PEG3350, 50 MM HEPES PH 7.0, 20 MM MGCL2, 5% GLYCEROL	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
6HT5 Oct4/Sox2:UTF1 structure 提交 2018-10-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 41–120（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM 4-morpholineethanesulfonic acid at pH 6.0, 33% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 3.45 Å R-free 0.248
8BX2 Oct4/Sox2 protein:DNA complex 提交 2022-12-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 41–120（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 70% (v/v) MPD	分辨率 3.14 Å R-free 0.252

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOX2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–83； UniProt 41–120

POU domain, class 5, transcription factor 1

Mus musculus

UniProt P20263

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 131–282	未记录	Transcription factor SOX-2 × 1 （P48432） HOXB1_r × 1 HOXB1_f × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 12% (v/v) PEG 4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BX1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OCP SOLUTION STRUCTURE OF OCT3 POU-HOMEODOMAIN 提交 1995-02-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 217–282（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3L1P POU protein:DNA complex 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–282（152 aa）片段：UNP residues 131-282 链 B 131–282（152 aa）片段：UNP residues 131-282	突变：C48S, C61S, C84S, C115S, C142S 突变：C48S, C61S, C84S, C115S, C142S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.257
6HT5 Oct4/Sox2:UTF1 structure 提交 2018-10-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 131–282（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM 4-morpholineethanesulfonic acid at pH 6.0, 33% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 3.45 Å R-free 0.248
8BX2 Oct4/Sox2 protein:DNA complex 提交 2022-12-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–282（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 70% (v/v) MPD	分辨率 3.14 Å R-free 0.252

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PO5F1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–155； UniProt 131–282

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bx1
沉积日期 deposition_date	2022-12-07
结构标题 title	Oct4/Sox2 protein:DNA complex
关键词 keywords	Oct4, Sox2, Hoxb1, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.55 Å
零角强度 I(0) i0	34137700.00
分子量 molecular_weight	36788.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42555 Å³
包络体积 envelope_volume	58137 Å³
水化壳体积 shell_volume	21470 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.63 Å
包络 Rg envelope_rg	23.54 Å
形状 Rg shape_rg	23.52 Å
总 Rg total_rg	24.26 Å
总原子数 total_atoms	2532
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4752000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.902

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor SOX-2
分子量 formula_weight	10092.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2536

GAMDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HOXB1_r
分子量 formula_weight	6752.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TAATCATTAGCATGACAAAGAC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HOXB1_f
分子量 formula_weight	6747.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AGTCTTTGTCATGCTAATGATT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	POU domain, class 5, transcription factor 1
分子量 formula_weight	17962.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GAMDMKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTISRFEALQLSLKNMSKLRPLLEKWVEEADNNENLQEISKSETLVQARKRKRTSIENRVRWSLETMFLKSPKPSLQQITHIANQLGLEKDVVRVWFSNRRQKGKRSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.199 Å
晶胞边长 b length_b	65.892 Å
晶胞边长 c length_c	126.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	58.480 Å
R 因子 r_factor	0.2541
R_work r_work	0.2531
R_free r_free	0.2741

fit	/app/data/saxs_computation/bx/8bx1/8bx1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bx/8bx1/8bx1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bx/8bx1/8bx1.dat

Oct4/Sox2 protein:DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SOX-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

POU domain, class 5, transcription factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)