SAXSdb — 8c7d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kalirin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1916–2114	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% W/V PEG3350, 0.1 M succinic acid	分辨率 1.86 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8C7D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5QQD PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with Z56880342 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 JGA N-ethyl-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 1.91 Å R-free 0.259
5QQE PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-531-494 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N5S N-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)-N'-[(3S)-4,4,4-trifluoro-3-hydroxy-3-(5-methylfuran-2-yl)butyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.284
5QQF PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-004-412-710 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N5V N-ethyl-N'-1,3-thiazol-2-ylurea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.270
5QQG PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-541-216 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N64 N-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)-N'-[3-(4-phenylpiperazin-1-yl)propyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.274
5QQH PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-020-096-465 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N67 N-methyl-5-({[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbamoyl]amino}methyl)thiophene-2-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.263
5QQI PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-178-994 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N6D N-[3-(methoxymethyl)phenyl]-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.08 Å R-free 0.277
5QQJ PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-587-558 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N6J N-{1-[(imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl)methyl]-1H-pyrazol-4-yl}-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.269
5QQK PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-359-835 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N6V N-{1-[2-(diethylamino)ethyl]-1H-indol-5-yl}-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.24 Å R-free 0.266
5QQL PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-565-301 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N71 N-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)-N'-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.270
5QQM PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-565-325 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N74 N-(1-benzyl-1H-pyrazol-4-yl)-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.02 Å R-free 0.273
5QQN PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-010-382-606 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 N5D N-cyclopropyl-2-(4-{[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbamoyl]amino}-1H-pyrazol-1-yl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.279
5QU9 PanDDA analysis group deposition of ground-state model of Kalirin/Rac1 screened against a customized urea fragment library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 提交 2019-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1280–1459（180 aa）	突变：None	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.231

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KALRN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–201； UniProt 1916–2114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8c7d
沉积日期 deposition_date	2023-01-14
结构标题 title	Structure of the GEF Kalirin DH2 Domain
关键词 keywords	GTPase exchange factor, helical bundle, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.57 Å
零角强度 I(0) i0	7990390.00
分子量 molecular_weight	21464.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27121 Å³
包络体积 envelope_volume	31389 Å³
水化壳体积 shell_volume	15085 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.64 Å
包络 Rg envelope_rg	19.02 Å
形状 Rg shape_rg	18.57 Å
总 Rg total_rg	19.43 Å
总原子数 total_atoms	1512
残基数 n_residues	195
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8010
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.510
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.095
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1744000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.590; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.647; Smooth: 0.992

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	27.324 Å
晶胞边长 b length_b	74.478 Å
晶胞边长 c length_c	100.121 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	59.760 Å
R 因子 r_factor	0.2298
R_work r_work	0.2273
R_free r_free	0.2745

描述 description	Kalirin
分子量 formula_weight	24059.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1619

Structure of the GEF Kalirin DH2 Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kalirin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

fit	/app/data/saxs_computation/c7/8c7d/8c7d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/8c7d/8c7d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/8c7d/8c7d.dat