8c81

Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Sac1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ORM1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Serine palmitoyltransferase 1 × 1 （P25045） Serine palmitoyltransferase 2 × 1 （P40970） Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 × 1 （Q3E790） Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1 × 1 （P32368） ERGOSTEROL × 3 N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 ;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ; × 1 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ORM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Serine palmitoyltransferase 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P25045

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein ORM1 × 1 （P53224） Serine palmitoyltransferase 2 × 1 （P40970） Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 × 1 （Q3E790） Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1 × 1 （P32368） ERGOSTEROL × 3 N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 ;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ; × 1 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–580； UniProt 1–558

Serine palmitoyltransferase 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40970

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein ORM1 × 1 （P53224） Serine palmitoyltransferase 1 × 1 （P25045） Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 × 1 （Q3E790） Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1 × 1 （P32368） ERGOSTEROL × 3 N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 ;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ; × 1 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–561； UniProt 1–561

Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q3E790

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein ORM1 × 1 （P53224） Serine palmitoyltransferase 1 × 1 （P25045） Serine palmitoyltransferase 2 × 1 （P40970） Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1 × 1 （P32368） ERGOSTEROL × 3 N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 ;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ; × 1 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32368

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein ORM1 × 1 （P53224） Serine palmitoyltransferase 1 × 1 （P25045） Serine palmitoyltransferase 2 × 1 （P40970） Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 × 1 （Q3E790） ERGOSTEROL × 3 N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 ;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ; × 1 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–623； UniProt 1–623

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8c81
沉积日期 deposition_date	2023-01-18
最后修订 last_revision	2023-10-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Sac1 complex
关键词 keywords	Serine-Palmitoyl-Transferase, SPT, Orm-Protein, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8c81__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8c81__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8c81__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.18 Å
Rg（电子密度）	43.03 Å
总 Rg	43.20 Å
原子数	15709
残基数	1938
排除体积	281780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8c81__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein ORM1
分子量 formula_weight	25221.7 kDa
突变 mutation	S51A, S52A, S53A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15709

MTELDYQGTAEAASTSYSRNQTDLKPFPSAGSASSSIKTTEPVKDHRRRRAAAIISHVEPETFEDENDQQLLPNMNATWVDQRGAWIIHVVIIILLKLFYNLFPGVTTEWSWTLTNMTYVIGSYVMFHLIKGTPFDFNGGAYDNLTMWEQIDDETLYTPSRKFLISVPIALFLVSTHYAHYDLKLFSWNCFLTTFGAVVPKLPVTHRLRISIPGITGRAQIS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine palmitoyltransferase 1
分子量 formula_weight	64985.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAHIPEVLPDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKKSIPIPAFIVTTSSYLWYYFNLVLTQIPGGQFIVSYIKKSHHDDPYRTTVEIGLILYGIIYYLSKPQQKKSLQAQKPNLSPQEIDALIEDWEPEPLVDPSATDEQSWRVAKTPVTMEMPIQNHITITRNNLQEKYTNVFNLASNNFLQLSATEPVKEVVKTTIKNYGVGACGPAGFYGNQDVHYTLEYDLAQFFGTQGSVLYGQDFCAAPSVLPAFTKRGDVIVADDQVSLPVQNALQLSRSTVYYFNHNDMNSLECLLNELTEQEKLEKLPAIPRKFIVTEGIFHNSGDLAPLPELTKLKNKYKFRLFVDETFSIGVLGATGRGLSEHFNMDRATAIDITVGSMATALGSTGGFVLGDSVMCLHQRIGSNAYCFSACLPAYTVTSVSKVLKLMDSNNDAVQTLQKLSKSLHDSFASDDSLRSYVIVTSSPVSAVLHLQLTPAYRSRKFGYTCEQLFETMSALQKKSQTNKFIEPYEEEEKFLQSIVDHALINYNVLITRNTIVLKQETLPIVPSLKICCNAAMSPEELKNACESVKQSILACCQESNK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Serine palmitoyltransferase 2
分子量 formula_weight	63189.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSTPANYTRVPLCEPEELPDDIQKENEYGTLDSPGHLYQVKSRHGKPLPEPVVDTPPYYISLLTYLNYLILIILGHVHDFLGMTFQKNKHLDLLEHDGLAPWFSNFESFYVRRIKMRIDDCFSRPTTGVPGRFIRCIDRISHNINEYFTYSGAVYPCMNLSSYNYLGFAQSKGQCTDAALESVDKYSIQSGGPRAQIGTTDLHIKAEKLVARFIGKEDALVFSMGYGTNANLFNAFLDKKCLVISDELNHTSIRTGVRLSGAAVRTFKHGDMVGLEKLIREQIVLGQPKTNRPWKKILICAEGLFSMEGTLCNLPKLVELKKKYKCYLFIDEAHSIGAMGPTGRGVCEIFGVDPKDVDILMGTFTKSFGAAGGYIAADQWIIDRLRLDLTTVSYSESMPAPVLAQTISSLQTISGEICPGQGTERLQRIAFNSRYLRLALQRLGFIVYGVADSPVIPLLLYCPSKMPAFSRMMLQRRIAVVVVAYPATPLIESRVRFCMSASLTKEDIDYLLRHVSEVGDKLNLKSNSGKSSYDGKRQRWDIEEVIRRTPEDCKDDKYFVN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
分子量 formula_weight	9590.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTQHKSSMVYIPTTKEAKRRNGKSEGILNTIEEVVEKLYWTYYIHLPFYLMASFDSFFLHVFFLTIFSLSFFGILKYCFL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1
分子量 formula_weight	71214.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.64
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MTGPIVYVQNADGIFFKLAEGKGTNDAVIHLANQDQGVRVLGAEEFPVQGEVVKIASLMGFIKLKLNRYAIIANTVEETGRFNGHVFYRVLQHSIVSTKFNSRIDSEEAEYIKLLELHLKNSTFYFSYTYDLTNSLQRNEKVGPAASWKTADERFFWNHYLTEDLRNFAHQDPRIDSFIQPVIYGYAKTVDAVLNATPIVLGLITRRSIFRAGTRYFRRGVDKDGNVGNFNETEQILLAENPESEKIHVFSFLQTRGSVPIYWAEINNLKYKPNLVLGENSLDATKKHFDQQKELYGDNYLVNLVNQKGHELPVKEGYESVVHALNDPKIHYVYFDFHHECRKMQWHRVKLLIDHLEKLGLSNEDFFHKVIDSNGNTVEIVNEQHSVVRTNCMDCLDRTNVVQSVLAQWVLQKEFESADVVATGSTWEDNAPLLTSYQNLWADNADAVSVAYSGTGALKTDFTRTGKRTRLGAFNDFLNSASRYYQNNWTDGPRQDSYDLFLGGFRPHTASIKSPFPDRRPVYIQLIPMIICAALTVLGATIFFPKDRFTSSKNLLYFAGASIVLALSTKFMFKNGIQFVNWPKLVDVGFLVVHQTHDKEQQFKGLKYAQSPKFSKPDPLKRD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ERGOSTEROL
分子量 formula_weight	396.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide
分子量 formula_weight	696.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ;
分子量 formula_weight	1165.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53236

Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Sac1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ORM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine palmitoyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine palmitoyltransferase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8c81__assembly_1__model_1

8c81__assembly_1__model_1 | I(q)

8c81__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)