8ca0

Macrophage inhibitory factor (MIF) in complex with small molecule PAV174

Method: SOLUTION NMR Dmax: 56.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage migration inhibitory factor

Homo sapiens

UniProt P14174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–115 链 B; UniProt 2–115 链 C; UniProt 2–115 未记录 VIU 1-ethyl-9-methyl-3,7-dipyrrolidin-1-yl-phenothiazine × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.2;298 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 1 NMR样品组成:1.0 mM [U-13C; U-15N] MIF, 1.0 mM PAV, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、132 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 C; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ca0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ca0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ca0
沉积日期 deposition_date2023-01-24
最后修订 last_revision2024-02-07
结构标题 titleMacrophage inhibitory factor (MIF) in complex with small molecule PAV174
关键词 keywords;MIF, oxMIF, herpes, Alzheimer's disease, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.44
零角强度 I(0) i0321964000.00
分子量 molecular_weight149470.0 kDa
排除体积 excluded_volume187020 ų
包络体积 envelope_volume63490 ų
水化壳体积 shell_volume25522 ų
包络直径 envelope_diameter59.7
壳层 Rg shell_rg27.43
包络 Rg envelope_rg19.93
形状 Rg shape_rg19.43
总 Rg total_rg19.76
总原子数 total_atoms20884
残基数 n_residues1368
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.5
Rg (实空间) rg_real19.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real3.2200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal322000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8349
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.009
峰度 Kurtosis kurtosis-0.580
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3716000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)