8cdq

Plasmodium falciparum Myosin A full-length, post-rigor state complexed to the inhibitor KNX-002 and Mg.ATP-gamma-S

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-A

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin A tail domain interacting protein × 1 （Q8I4W8） Myosin essential light chain ELC × 1 （Q8IJM4） GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 1-(4-methoxyphenyl)-~{N}-[(3-thiophen-2-yl-1~{H}-pyrazol-4-yl)methyl]cyclopropan-1-amine × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYOA_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–818； UniProt 1–818

Myosin A tail domain interacting protein

Plasmodium falciparum

UniProt Q8I4W8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin-A × 1 （Q8IDR3） Myosin essential light chain ELC × 1 （Q8IJM4） GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 1-(4-methoxyphenyl)-~{N}-[(3-thiophen-2-yl-1~{H}-pyrazol-4-yl)methyl]cyclopropan-1-amine × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8I4W8_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Myosin essential light chain ELC

Plasmodium falciparum

UniProt Q8IJM4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin-A × 1 （Q8IDR3） Myosin A tail domain interacting protein × 1 （Q8I4W8） GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 1-(4-methoxyphenyl)-~{N}-[(3-thiophen-2-yl-1~{H}-pyrazol-4-yl)methyl]cyclopropan-1-amine × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IJM4_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cdq
沉积日期 deposition_date	2023-01-31
结构标题 title	Plasmodium falciparum Myosin A full-length, post-rigor state complexed to the inhibitor KNX-002 and Mg.ATP-gamma-S
关键词 keywords	Malaria, Plasmodium falciparum, Myosin A, KNX-002, antimalarial treatment, molecular motors, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cdq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cdq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cdq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.76 Å
Rg（电子密度）	35.35 Å
总 Rg	35.77 Å
原子数	8674
残基数	1072
排除体积	155320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cdq__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Myosin-A
分子量 formula_weight	92474.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8998

MAVTNEEIKTASKIVRRVSNVEAFDKSGSVFKGYQIWTDISPTIENDPNIMFVKCVVQQGSKKEKLTVVQIDPPGTGTPYDIDPTHAWNCNSQVDPMSFGDIGLLNHTNIPCVLDFLKHRYLKNQIYTTAVPLIVAINPYKDLGNTTNEWIRRYRDTADHTKLPPHVFTCAREALSNLHGVNKSQTIIVSGESGAGKTEATKQIMRYFASSKSGNMDLRIQTAIMAANPVLEAFGNAKTIRNNNSSRFGRFMQLVISHEGGIRYGSVVAFLLEKSRIITQDDNERSYHIFYQFLKGANSTMKSKFGLKGVTEYKLLNPNSTEVSGVDDVKDFEEVIESLKNMELSESDIEVIFSIVAGILTLGNVRLIEKQEAGLSDAAAIMDEDMGVFNKACELMYLDPELIKREILIKVTVAGGTKIEGRWNKNDAEVLKSSLCKAMYEKLFLWIIRHLNSRIEPEGGFKTFMGMLDIFGFEVFKNNSLEQLFINITNEMLQKNFVDIVFERESKLYKDEGISTAELKYTSNKEVINVLCEKGKSVLSYLEDQCLAPGGTDEKFVSSCATNLKENNKFTPAKVASNKNFIIQHTIGPIQYCAESFLLKNKDVLRGDLVEVIKDSPNPIVQQLFEGQVIEKGKIAKGSLIGSQFLNQLTSLMNLINSTEPHFIRCIKPNENKKPLEWCEPKILIQLHALSILEALVLRQLGYSYRRTFEEFLYQYKFVDIAAAEDSSVENQNKCVNILKLSGLSESMYKIGKSMVFLKQEGAKILTKIQREKLVEWENCVSVIEAAILKHKYKQKVNKNIPSLLRVQAHIRKKMVAQ

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Myosin A tail domain interacting protein
分子量 formula_weight	23510.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKQECNVCYFNLPDPESTLGPYDNELNYFTWGPGFEYEPEPQRKPLSIEESFENSEESEESVADIQQLEEKVDESDVRIYFNEKSSGGKISIDNASYNARKLGLAPSSIDEKKIKELYGDNLTYEQYLEYLSICVHDKDNVEELIKMFAHFDNNCTGYLTKSQMKNILTTWGDALTDQEAIDALNAFSSEDNIDYKLFCEDILQ

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Myosin essential light chain ELC
分子量 formula_weight	15692.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASDMEEKFREAFILFSSCSDHIEMYKFFELMNSFGIILTNDEKAALPNDINMDYWLNFAKKHYNYEQPFKHINNVNEQNTNVQIKIDNFLGIMKALDTRLTESDLNILLQITNPENKSTLNLKTVSQKLTESI

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1-(4-methoxyphenyl)-~{N}-[(3-thiophen-2-yl-1~{H}-pyrazol-4-yl)methyl]cyclopropan-1-amine
分子量 formula_weight	325.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	305

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8cdqA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	530 —

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晶胞边长 a length_a	114.416 Å
晶胞边长 b length_b	170.919 Å
晶胞边长 c length_c	90.399 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	95.080 Å
R 因子 r_factor	0.1905
R_work r_work	0.1882
R_free r_free	0.2353

Plasmodium falciparum Myosin A full-length, post-rigor state complexed to the inhibitor KNX-002 and Mg.ATP-gamma-S

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Myosin A tail domain interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Myosin essential light chain ELC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cdq__assembly_1__model_1

8cdq__assembly_1__model_1 | I(q)

8cdq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)