8cdv

Rnase R bound to a 30S degradation intermediate (state II)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease R

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–779； UniProt 1–779

30S ribosomal protein S4

物种未注明

UniProt P21466

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS4_BACSU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

30S ribosomal protein S5

物种未注明

UniProt P21467

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS5_BACSU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166

30S ribosomal protein S7

物种未注明

UniProt P21469

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS7_BACSU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

30S ribosomal protein S8

物种未注明

UniProt P12879

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS8_BACSU
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt P21470

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS9_BACSU
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

30S ribosomal protein S10

物种未注明

UniProt P21471

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS10_BACSU
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt P21472

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS12_BACSU
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138

30S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt P20282

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS13_BACSU
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

30S ribosomal protein S15

物种未注明

UniProt P21473

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS15_BACSU
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

30S ribosomal protein S16

物种未注明

UniProt P21474

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS16_BACSU
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90

30S ribosomal protein S17

物种未注明

UniProt P12874

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS17_BACSU
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

30S ribosomal protein S19

物种未注明

UniProt P21476

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS19_BACSU
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

30S ribosomal protein S20

物种未注明

UniProt P21477

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS20_BACSU
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

30S ribosomal protein S6

物种未注明

UniProt P21468

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS6_BACSU
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

30S ribosomal protein S18

物种未注明

UniProt P21475

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P04969）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS18_BACSU
Isoform	—
PDB实体	18
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79

30S ribosomal protein S11

物种未注明

UniProt P04969

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 2	16S rRNA × 1 RNA Substrate × 1 Ribonuclease R × 1 （O32231） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P21466） 30S ribosomal protein S5 × 1 （P21467） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P21469） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P12879） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P21470） 30S ribosomal protein S10 × 1 （P21471） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P21472） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P20282） 30S ribosomal protein S15 × 1 （P21473） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P21474） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P12874） 30S ribosomal protein S19 × 1 （P21476） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P21477） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P21468） 30S ribosomal protein S18 × 1 （P21475）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS11_BACSU
Isoform	—
PDB实体	19
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cdv
沉积日期 deposition_date	2023-02-01
结构标题 title	Rnase R bound to a 30S degradation intermediate (state II)
关键词 keywords	SSU, 30S, RNase R, ribosomal degradation, turnover, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cdv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cdv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cdv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	66.23 Å
Rg（电子密度）	66.18 Å
总 Rg	66.27 Å
原子数	43593
残基数	3352
排除体积	676960 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cdv__assembly_1__model_1`	nonadecameric （19）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S rRNA
分子量 formula_weight	503369.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	43593

UUUAUCGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGCGGACAGAUGGGAGCUUGCUCCCUGAUGUUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACUCCGGGAAACCGGGGCUAAUACCGGAUGGUUGUUUGAACCGCAUGGUUCAAACAUAAAAGGUGGCUUCGGCUACCACUUACAGAUGGACCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAACGGCUCACCAAGGCGACGAUGCGUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAGCUCUGUUGUUAGGGAAGAACAAGUGCCGUUCGAAUAGGGCGGUACCUUGACGGUACCUAACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUGGCAAGCGUUGUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGGGCUCGCAGGCGGUUUCUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCCCGGCUCAACCGGGGAGGGUCAUUGGAAACUGGGGAACUUGAGUGCAGAAGAGGAGAGUGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUGUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUCUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAGGAGCGAAAGCGUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUCCUCUGACAAUCCUAGAGAUAGGACGUCCCCUUCGGGGGCAGAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGAUCUUAGUUGCCAGCAUUCAGUUGGGCACUCUAAGGUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUUAAGCCAAUCCCACAAAUCUGUUCUCAGUUCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGUCGGUGAGGUAACCUUUUAGGAGCCAGCCGCCGAAGGUGGGACAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCUA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA Substrate
分子量 formula_weight	3576.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AAAAAAAAAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribonuclease R
分子量 formula_weight	88886.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEKEAFMEKLLSFMKEEAYKPLTVQELEEMLNITEAEEFKELVKALVALEEKGLIVRTRSDRYGIPEKMNLIKGKISAHAKGFAFLLPEDTSLSDVFIPPNELNTAMNGDIVMVRLNSQSSGSRQEGTVIRILERAIQRVVGTYTETRNFGFVIPDDKKITSDIFIPKNGKNGAAEGHKVVVKLTSYPEGRMNAEGEVETILGHKNDPGIDILSVIHKHGLPGEFPADAMEQASSTPDTIDEKDLKDRRDLRDQVIVTIDGADAKDLDDAVTVTKLDDGSYKLGVHIADVSHYVTENSPIDKEALERGTSVYLVDRVIPMIPHRLSNGICSLNPKVDRLTLSCEMTINSQGQVTEHEIFQSVIKTTERMTYSDVNKILVDDDEELKQKYEPLVPMFKDMERLAQILRDKRMDRGAVDFDFKEAKVLVDDEGAVKDVVIRERSVAEKLIEEFMLVANETVAEHFHWMNVPFIYRIHEEPNAEKLQKFLEFVTTFGYVVKGTAGNIHPRALQSILDAVRDRPEETVISTVMLRSMKQAKYDPQSLGHFGLSTEFYTHFTSPIRRYPDLIVHRLIRTYLINGKVDEATQEKWAERLPDIAEHTSSMERRAVDAERETDDLKKAEYMLDKIGEEFDGMISSVTNFGMFVELPNTIEGLVHVSFMTDDYYRFDEQHFAMIGERTGNVFRIGDEITVKVVDVNKDERNIDFEIVGMKGTPRRPRELDSSRSRKRGKPARKRVQSTNTPVSPAPSEEKGEWFTKPKKKKKKRGFQNAPKQKRKKKK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S4
分子量 formula_weight	22874.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MARYTGPSWKLSRRLGISLSGTGKELEKRPYAPGPHGPGQRKKLSEYGLQLQEKQKLRHMYGVNERQFRTLFDKAGKLAGKHGENFMILLDSRLDNVVYKLGLARTRRQARQLVNHGHILVDGSRVDIPSYLVKPGQTIGVREKSRNLSIIKESVEVNNFVPEYLTFDAEKLEGTFTRLPERSELAPEINEALIVEFYSR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S5
分子量 formula_weight	17650.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MRRIDPSKLELEERLVTVNRVAKVVKGGRRFRFAALVVVGDKNGHVGFGTGKAQEVPEAIRKAVEDAKKNLIEVPMVGTTIPHEIIGRFGAGNILLKPASEGTGVIAGGPVRAVLELAGVADILSKSLGSNTPINMIRATLQGLSELKRAEDVAKLRGKSVEELLG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	17915.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MPRKGPVAKRDVLPDPIYNSKLVSRLINKMMIDGKKGKSQTILYKSFDIIKERTGNDAMEVFEQALKNIMPVLEVKARRVGGANYQVPVEVRPERRTTLGLRWLVNYARLRGEKTMEERLANEILDAANNTGAAVKKREDTHKMAEANKAFAHYRW

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S8
分子量 formula_weight	14901.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MVMTDPIADMLTRIRNANMVRHEKLEIPASKLKREIAEILKREGFIRDVEFVEDSKQGIIRVFLKYGQNNERVITGLKRISKPGLRVYAKSNEVPRVLNGLGIAIISTSQGVLTDKEARAKQAGGEVLAYVW

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	14335.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MAQVQYYGTGRRKSSVARVRLVPGEGRIVVNNREISEHIPSAALIEDIKQPLTLTETAGTYDVLVNVHGGGLSGQAGAIRHGIARALLEADPEYRTTLKRAGLLTRDARMKERKKYGLKGARRAPQFSKR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	11687.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAKQKIRIRLKAYDHRILDQSAEKIVETAKRSGASVSGPIPLPTEKSVYTILRAVHKYKDSREQFEMRTHKRLIDIVNPTPQTVDALMRLDLPSGVDIEIKL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	15248.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MPTINQLIRKGRVSKVENSKSPALNKGYNSFKKEHTNVSSPQKRGVCTRVGTMTPKKPNSALRKYARVRLTNGIEVTAYIPGIGHNLQEHSVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGALDTAGVENRAQGRSKYGTKKPKAK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	13818.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MARIAGVDIPRDKRVVISLTYIFGIGRTTAQQVLKEAGVSEDTRVRDLTEEELGKIRDIIDKLKVEGDLRREVSLNIKRLIEIGSYRGIRHRRGLPVRGQNSKNNARTRKGPRRTVANKKK

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S15
分子量 formula_weight	10597.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MAITQERKNQLINEFKTHESDTGSPEVQIAILTDSINNLNEHLRTHKKDHHSRRGLLKMVGKRRNLLTYLRNKDVTRYRELINKLGLRR

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S16
分子量 formula_weight	10153.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAVKIRLKRMGAKKSPFYRIVVADSRSPRDGRFIETVGTYNPVAKPAEVKIDEELALKWLQTGAKPSDTVRNLFSSQGIMEKFHNAKQGK

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S17
分子量 formula_weight	10221.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MSERNQRKVYQGRVVSDKMDKTITVVVETYKKHTLYGKRVKYSKKFKAHDENNQAKIGDIVKIMETRPLSATKRFRLVEVVEEAVII

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19
分子量 formula_weight	10607.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MARSLKKGPFVDGHLMTKIEKLNETDKKQVVKTWSRRSTIFPQFIGHTIAVYDGRKHVPVFISEDMVGHKLGEFAPTRTYKGHASDDKKTRR

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S20
分子量 formula_weight	9622.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MPNIKSAIKRTKTNNERRVHNATIKSAMRTAIKQVEASVANNEADKAKTALTEAAKRIDKAVKTGLVHKNTAARYKSRLAKKVNGLSA

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S6
分子量 formula_weight	11140.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MRKYEVMYIIRPNIDEESKKAVIERFNNVLTSNGAEITGTKDWGKRRLAYEINDFRDGFYQIVNVQSDAAAVQEFDRLAKISDDIIRHIVVKEEE

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S18
分子量 formula_weight	8990.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MAGGRRGGRAKRRKVCYFTSNGITHIDYKDVDLLKKFVSERGKILPRRVTGTNAKYQRKLTAAIKRARQMALLPYVSGE

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S11
分子量 formula_weight	13952.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MAAARKSNTRKRRVKKNIESGIAHIRSTFNNTIVTITDTHGNAISWSSAGALGFRGSRKSTPFAAQMAAETAAKGSIEHGLKTLEVTVKGPGSGREAAIRALQAAGLEVTAIRDVTPVPHNGCRPPKRRRV

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.730 Å
最低分辨率 resolution_low	4.730 Å
R 因子 r_factor	0.3017
R_work r_work	0.3017
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	4011

Rnase R bound to a 30S degradation intermediate (state II)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease R

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体