8cgs

Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to antimony oxyanion

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arsenite oxidase subunit AioA

Alcaligenes faecalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	AioB × 2 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 OXYGEN ATOM × 2 MOLYBDENUM(IV) ION × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 ACETATE ION × 2 PHOSPHATE ION × 3 tetrakis(oxidanyl)antimony × 2 CHLORIDE ION × 3 GLYCEROL × 3 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	AioB × 2 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 OXYGEN ATOM × 2 MOLYBDENUM(IV) ION × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ACETATE ION × 2 PHOSPHATE ION × 3 tetrakis(oxidanyl)antimony × 2 CHLORIDE ION × 2 GLYCEROL × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AIOA_ALCFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–822； UniProt 5–826 作者链 C； PDB构建体 1–822； UniProt 5–826 作者链 E； PDB构建体 1–822； UniProt 5–826 作者链 G； PDB构建体 1–822； UniProt 5–826

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cgs
沉积日期 deposition_date	2023-02-06
结构标题 title	Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to antimony oxyanion
关键词 keywords	arsenite oxidase, molybdenum cofactor, MGD, arsenic oxyanion, antimony oxyanion, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cgs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cgs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cgs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.96 Å
Rg（电子密度）	36.63 Å
总 Rg	36.88 Å
原子数	15230
残基数	1910
排除体积	268150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cgs__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8cgs__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Arsenite oxidase subunit AioA
分子量 formula_weight	92032.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.20.9.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	33900

NDRITLPPANAQRTNMTCHFCIVGCGYHVYKWPELQEGGRAPEQNALGLDFRKQLPPLAVTLTPAMTNVVTEHNGRRYNIMVVPDKACVVNSGLSSTRGGKMASYMYTPTGDGKQRLKAPRLYAADQWVDTTWDHAMALYAGLIKKTLDKDGPQGVFFSCFDHGGAGGGFENTWGTGKLMFSAIQTPMVRIHNRPAYNSECHATREMGIGELNNAYEDAQLADVIWSIGNNPYESQTNYFLNHWLPNLQGATTSKKKERFPNENFPQARIIFVDPRETPSVAIARHVAGNDRVLHLAIEPGTDTALFNGLFTYVVEQGWIDKPFIEAHTKGFDDAVKTNRLSLDECSNITGVPVDMLKRAAEWSYKPKASGQAPRTMHAYEKGIIWGNDNYVIQSALLDLVIATHNVGRRGTGCVRMGGHQEGYTRPPYPGDKKIYIDQELIKGKGRIMTWWGCNNFQTSNNAQALREAILQRSAIVKQAMQKARGATTEEMVDVIYEATQNGGLFVTSINLYPTKLAEAAHLMLPAAHPGEMNLTSMNGERRIRLSEKFMDPPGTAMADCLIAARIANALRDMYQKDGKAEMAAQFEGFDWKTEEDAFNDGFRRAGQPGAPAIDSQGGSTGHLVTYDRLRKSGNNGVQLPVVSWDESKGLVGTEMLYTEGKFDTDDGKAHFKPAPWNGLPATVQQQKDKYRFWLNNGRNNEVWQTAYHDQYNSLMQERYPMAYIEMNPDDCKQLDVTGGDIVEVYNDFGSTFAMVYPVAEIKRGQTFMLFGYVNGIQGDVTTDWTDRNIIPYYKGTWGDIRKVGSMEEFKRTVSFKSRRFA

来源 Source

来源生物 organism	Alcaligenes faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AioB
分子量 formula_weight	14190.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

RTTLQYPATQVSVAKNLKANEPVSFTYPDTSSPCVAVKLGSPVPGGVGPNNDIVAYSVLCTHMGCPTSYDKSSKTFKCPCHFTEFDAEKAGQMICGQATENLPRVLLRYDEASDALTAVGVDGLIYGRQANVI

来源 Source

来源生物 organism	Alcaligenes faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(IV) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	tetrakis(oxidanyl)antimony
分子量 formula_weight	189.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3322

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晶胞边长 a length_a	90.378 Å
晶胞边长 b length_b	109.210 Å
晶胞边长 c length_c	117.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.71 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.28 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	116.270 Å
R 因子 r_factor	0.1554
R_work r_work	0.1536
R_free r_free	0.1889

Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to antimony oxyanion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arsenite oxidase subunit AioA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cgs__assembly_1__model_1

8cgs__assembly_1__model_1 | I(q)

8cgs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 non-polymer

实体 18 Entity 18 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to antimony oxyanion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arsenite oxidase subunit AioA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cgs__assembly_1__model_1

8cgs__assembly_1__model_1 | I(q)

8cgs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 non-polymer

实体 18 Entity 18 water

7. 引用文献 (1)