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8ct2

Local refinement of AQP1 tetramer (C1; refinement mask included D1 of protein 4.2 and Ankyrin-1 AR1-5) in Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 81.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aquaporin-1

物种未注明

UniProt P29972

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–269 链 B； UniProt 1–269 链 C； UniProt 1–269 链 D； UniProt 1–269 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CLR CHOLESTEROL × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8CT2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FQY STRUCTURE OF AQUAPORIN-1 AT 3.8 A RESOLUTION BY ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
X-ray结晶条件 Dialysis with continuous flow dialysis machine；pH 6；298 K；Escherichia coli lipids, magnesium chloride, sodium chloride, MES, pH 6.0, Dialysis with continuous flow dialysis machine, temperature 298K
分辨率 3.80 Å R-free 0.417
1H6I A REFINED STRUCTURE OF HUMAN AQUAPORIN 1 提交 2001-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å R-free 0.376
1IH5 CRYSTAL STRUCTURE OF AQUAPORIN-1 提交 2001-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å R-free 0.458
4CSK human Aquaporin 提交 2014-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9
分辨率 3.28 Å R-free 0.298
6POJ STRUCTURAL REFINEMENT OF AQUAPORIN 1 VIA SSNMR 提交 2019-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 7；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 2 w/v [U-13C; U-15N] AQUAPORIN 1, NMR buffer | NMR buffer
分辨率未提供
7UZE Erythrocyte ankyrin-1 complex class 2 local refinement of AQP1 (C4 symmetry applied) 提交 2022-05-09 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–269（269 aa）
链 B 1–269（269 aa）
链 C 1–269（269 aa）
链 D 1–269（269 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CLR CHOLESTEROL × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05 % (w/v) digitonin, 130mM KCl, 20mM HEPES pH 7.4, 1mM ATP, 1mM MgCl2, 1mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8mg/mL, and 0.01% (w/v) of glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds.
分辨率 2.40 Å
8CTE Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-14 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 M 1–269（269 aa）
链 O 1–269（269 aa）
链 R 1–269（269 aa）
链 S 1–269（269 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CLR CHOLESTEROL × 10 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds
分辨率 2.90 Å
9ZCZ C4 local refinement of stomatin-bound aquaporin (human) 提交 2025-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–249（247 aa）
链 B 3–249（247 aa）
链 C 3–249（247 aa）
链 D 3–249（247 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 PLM PALMITIC ACID × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9ZD2 C1 local refinement of aquaporin 1 bound to endogenous human stomatin 提交 2025-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 3–249（247 aa）
链 B 3–249（247 aa）
链 C 3–249（247 aa）
链 D 3–249（247 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AQP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 B； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 C； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 D； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ct2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ct2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ct2
沉积日期 deposition_date2022-05-13
结构标题 titleLocal refinement of AQP1 tetramer (C1; refinement mask included D1 of protein 4.2 and Ankyrin-1 AR1-5) in Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex
关键词 keywordsMembrane Protein, Anion Exchange, Erythrocyte, Glycoprotein, TRANSPORT PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN complex; TRANSPORT PROTEIN/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.36 Å
零角强度 I(0) i0147985000.00
分子量 molecular_weight104960.0 kDa
排除体积 excluded_volume135210 ų
包络体积 envelope_volume155250 ų
水化壳体积 shell_volume44400 ų
包络直径 envelope_diameter83.1 Å
壳层 Rg shell_rg36.87 Å
包络 Rg envelope_rg27.46 Å
形状 Rg shape_rg27.39 Å
总 Rg total_rg28.21 Å
总原子数 total_atoms7420
残基数 n_residues984
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.5 Å
Rg (实空间) rg_real27.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal148000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9048
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.9 Å
偏度 Skewness skewness0.044
峰度 Kurtosis kurtosis-0.515
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30510000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.926
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)