8cta

Minimal 2:2 Ternary Complex between BI-224436 bound HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Dimer and Carboxy Terminal Domains

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	(2S)-tert-butoxy[4-(2,3-dihydropyrano[4,3,2-de]quinolin-7-yl)-2-methylquinolin-3-yl]acetic acid × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	(2S)-tert-butoxy[4-(2,3-dihydropyrano[4,3,2-de]quinolin-7-yl)-2-methylquinolin-3-yl]acetic acid × 2 1,2-ETHANEDIOL × 10 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	(2S)-tert-butoxy[4-(2,3-dihydropyrano[4,3,2-de]quinolin-7-yl)-2-methylquinolin-3-yl]acetic acid × 2 1,2-ETHANEDIOL × 7 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	(2S)-tert-butoxy[4-(2,3-dihydropyrano[4,3,2-de]quinolin-7-yl)-2-methylquinolin-3-yl]acetic acid × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72498_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 B； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 E； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 F； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 I； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 J； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 M； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 N； PDB构建体 2–161； UniProt 766–925 作者链 C； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 D； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 G； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 H； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 K； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 L； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 O； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986 作者链 P； PDB构建体 2–53； UniProt 935–986

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cta
沉积日期 deposition_date	2022-05-13
结构标题 title	Minimal 2:2 Ternary Complex between BI-224436 bound HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Dimer and Carboxy Terminal Domains
关键词 keywords	VIRAL DNA INTEGRATION, DNA BINDING, LEDGF BINDING, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cta__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cta__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cta__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.58 Å
Rg（电子密度）	22.78 Å
总 Rg	23.69 Å
原子数	3087
残基数	377
排除体积	55500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cta__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8cta__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8cta__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8cta__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	17580.0 kDa
突变 mutation	F185K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N
原子数 atom_count	12460

GHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	6228.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H,K,L,O,P

GIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDY

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-tert-butoxy[4-(2,3-dihydropyrano[4,3,2-de]quinolin-7-yl)-2-methylquinolin-3-yl]acetic acid
分子量 formula_weight	442.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	8ctaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8ctaO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8ctaP01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

▶

晶胞边长 a length_a	181.510 Å
晶胞边长 b length_b	116.510 Å
晶胞边长 c length_c	112.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.2202
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.2613

Minimal 2:2 Ternary Complex between BI-224436 bound HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Dimer and Carboxy Terminal Domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cta__assembly_3__model_1

8cta__assembly_3__model_1 | I(q)

8cta__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Minimal 2:2 Ternary Complex between BI-224436 bound HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Dimer and Carboxy Terminal Domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cta__assembly_3__model_1

8cta__assembly_3__model_1 | I(q)

8cta__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)