← 返回搜索
8d21

Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 170.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA2 chain

Influenza A virus

UniProt Q289M7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 3 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 344–519 链 C； UniProt 344–519 链 G； UniProt 344–519 未记录 Hemagglutinin HA1 chain × 3 （Q6WG00） 1B06 Heavy Chain × 3 1B06 Light Chain × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D21 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MFG Cryo-EM structure of the VRC310 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer 提交 2021-04-09 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 344–519（176 aa）
链 D 344–519（176 aa）
链 I 344–519（176 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.87 Å
7SCN Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-63E6 提交 2021-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–339（322 aa）
链 B 343–520（178 aa）
链 C 18–339（322 aa）
链 D 343–520（178 aa）
链 G 18–339（322 aa）
链 I 343–520（178 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS buffer, PH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotting time: 5.5 s Blotting force: 0 Waiting time: 7 s
分辨率 3.02 Å
7SCO Structure of H1 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10 提交 2021-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–339（322 aa）
链 B 343–520（178 aa）
链 C 18–339（322 aa）
链 D 343–520（178 aa）
链 G 18–339（322 aa）
链 I 343–520（178 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS buffer, PH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotting time: 5.5 s Blotting force: 0 Waiting time: 7 s
分辨率 3.37 Å
8UR5 I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-1heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-1heptad) 提交 2023-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 64–280（217 aa）
链 B 64–280（217 aa）
链 C 64–280（217 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UR7 I53_dn5 nanoparticle displaying the trimeric HA heads with heptad domain, TH-6heptad-I53_dn5 (local refinement of TH-6heptad) 提交 2023-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 64–280（217 aa）
链 B 64–280（217 aa）
链 C 64–280（217 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEMA_I00A1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 344–519 作者链 C； PDB构建体 1–176； UniProt 344–519 作者链 G； PDB构建体 1–176； UniProt 344–519

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus

UniProt Q6WG00

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 3 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–343 链 D； UniProt 18–343 链 I； UniProt 18–343 未记录 Hemagglutinin HA2 chain × 3 （Q289M7） 1B06 Heavy Chain × 3 1B06 Light Chain × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8D21 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5C0R Crystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabilized Stem Complexed with the Broadly Neutralizing Antibody C179 提交 2015-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 18–49（32 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 328–402（75 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 436–517（82 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 200 mM ammonium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5
分辨率 3.19 Å R-free 0.251
5C0S Crystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabilized stem in complex with the broadly neutralizing antibody CR6261 提交 2015-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 18–49（32 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 328–402（75 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 436–517（82 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 4000, 4.5% (v/v) isopropanol, 100 mM imidazole, pH 6.5
分辨率 4.30 Å R-free 0.310
7MFG Cryo-EM structure of the VRC310 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer 提交 2021-04-09 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–343（326 aa）
链 C 18–343（326 aa）
链 G 18–343（326 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.87 Å
8TP3 H1 hemagglutinin (NC99) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1F05 提交 2023-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–343（343 aa）
链 B 344–565（222 aa）
链 C 1–343（343 aa）
链 D 344–565（222 aa）
链 G 1–343（343 aa）
链 I 344–565（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TP5 H1 hemagglutinin (NC99) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1E04 提交 2023-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 18–339（322 aa）
链 B 344–514（171 aa）
链 C 18–339（322 aa）
链 D 344–514（171 aa）
链 G 18–339（322 aa）
链 I 344–514（171 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8TPA H1 hemagglutinin (NC99) in complex with medial-junction-targeting Fab 2-2-1G06 提交 2023-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–343（343 aa）
链 B 344–565（222 aa）
链 C 1–343（343 aa）
链 F 344–565（222 aa）
链 G 1–343（343 aa）
链 K 344–565（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9B2M Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008 提交 2024-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–339（339 aa）
链 B 340–565（226 aa）
链 C 1–339（339 aa）
链 D 340–565（226 aa）
链 G 1–339（339 aa）
链 I 340–565（226 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
9CJY CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab BB798E 3-C07 提交 2024-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 18–343（326 aa）
链 B 344–519（176 aa）
链 C 18–343（326 aa）
链 D 344–519（176 aa）
链 E 18–343（326 aa）
链 F 344–519（176 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9CJZ CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab T009 3-E04 提交 2024-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 18–343（326 aa）
链 B 344–519（176 aa）
链 C 18–343（326 aa）
链 D 344–519（176 aa）
链 E 18–343（326 aa）
链 F 344–519（176 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6WG00_9INFA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–326； UniProt 18–343 作者链 D； PDB构建体 1–326； UniProt 18–343 作者链 I； PDB构建体 1–326； UniProt 18–343

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8d21

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8d21
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8d21
沉积日期 deposition_date2022-05-27
结构标题 titleCryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer
关键词 keywordsVRC, IMMUNE SYSTEM, VRC321, Fab, Stem, IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex; IMMUNE SYSTEM/Viral Protein
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.01 Å
零角强度 I(0) i0933032000.00
分子量 molecular_weight249130.0 kDa
排除体积 excluded_volume309450 ų
包络体积 envelope_volume450620 ų
水化壳体积 shell_volume75217 ų
包络直径 envelope_diameter168.9 Å
壳层 Rg shell_rg52.61 Å
包络 Rg envelope_rg50.21 Å
形状 Rg shape_rg51.02 Å
总 Rg total_rg51.00 Å
总原子数 total_atoms17541
残基数 n_residues2127
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax170.0 Å
Rg (实空间) rg_real50.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real9.3300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal932900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8848
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.4 Å
偏度 Skewness skewness0.272
峰度 Kurtosis kurtosis-0.696
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha94160000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.877
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id8d21A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain
结构域编号 domain_id8d21B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id8d21C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id8d21D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain
结构域编号 domain_id8d21E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8d21F01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8d21G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id8d21H01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8d21I01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain
结构域编号 domain_id8d21J01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8d21K01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8d21L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)