SAXSdb — 8d6t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Saxiphilin

Lithobates catesbeianus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–844	突变：Y558I	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 CAC CACODYLATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.15 Å R-free 0.234
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–844	突变：Y558I	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 CAC CACODYLATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.15 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8D6T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6O0D Saxiphilin Apo structure 提交 2019-02-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
6O0D Saxiphilin Apo structure 提交 2019-02-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
6O0E Saxiphilin:STX complex, soaking 提交 2019-02-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	未记录	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD). 1mM final concentration of STX was added during soaking	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
6O0E Saxiphilin:STX complex, soaking 提交 2019-02-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	未记录	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD). 1mM final concentration of STX was added during soaking	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
6O0F Saxiphilin:STX complex, co-crystal 提交 2019-02-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	未记录	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD). STX: Saxiphilin molar ratio 1:1.1	分辨率 2.12 Å R-free 0.259
6O0F Saxiphilin:STX complex, co-crystal 提交 2019-02-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	未记录	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD). STX: Saxiphilin molar ratio 1:1.1	分辨率 2.12 Å R-free 0.259
8D6P Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558A 提交 2022-06-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：Y558A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
8D6P Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558A 提交 2022-06-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：Y558A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
8D6Q Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I 提交 2022-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：Y558I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
8D6Q Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I 提交 2022-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：Y558I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
8D6S Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558A:STX (co-crystal) 提交 2022-06-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：Y558A	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
8D6S Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558A:STX (co-crystal) 提交 2022-06-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：Y558A	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
8D6U Rana catesbeiana saxiphilin:F-STX (soaked) 提交 2022-06-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	未记录	QDX (2P)-4-({6-[({[(3aS,4R,7R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methoxy}carbonyl)amino]hexyl}carbamoyl)-2-{[4aP,9(9a)P]-6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.11-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, 1 mM (final concentration) F-STX was added during soaking	分辨率 2.65 Å R-free 0.266
8D6U Rana catesbeiana saxiphilin:F-STX (soaked) 提交 2022-06-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	未记录	QDX (2P)-4-({6-[({[(3aS,4R,7R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methoxy}carbonyl)amino]hexyl}carbamoyl)-2-{[4aP,9(9a)P]-6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.11-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, 1 mM (final concentration) F-STX was added during soaking	分辨率 2.65 Å R-free 0.266
9YAR Rana catesbeiana saxiphilin:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	未记录	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
9YAR Rana catesbeiana saxiphilin:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	未记录	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.40 Å R-free 0.278
9YAS Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558A:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：Y558A	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.45 Å R-free 0.284
9YAS Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558A:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：Y558A	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.45 Å R-free 0.284
9YAT Rana catesbeiana saxiphilin mutant - T563A 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：T563A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
9YAT Rana catesbeiana saxiphilin mutant - T563A 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：T563A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
9YAV Rana catesbeiana saxiphilin mutant - F561A 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：F561A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD	分辨率 2.23 Å R-free 0.244
9YAV Rana catesbeiana saxiphilin mutant - F561A 提交 2025-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：F561A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD	分辨率 2.23 Å R-free 0.244
9YBD Rana catesbeiana saxiphilin mutant - F561A:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：F561A	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
9YBD Rana catesbeiana saxiphilin mutant - F561A:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：F561A	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
9YBE Rana catesbeiana saxiphilin mutant - F561A:STX (co-crystal) 提交 2025-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：F561A	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.35 Å R-free 0.274
9YBE Rana catesbeiana saxiphilin mutant - F561A:STX (co-crystal) 提交 2025-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：F561A	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.35 Å R-free 0.274
9YBF Rana catesbeiana saxiphilin mutant - T563A:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–844（844 aa）	突变：T563A	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
9YBF Rana catesbeiana saxiphilin mutant - T563A:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–844（844 aa）	突变：T563A	A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 33% MPD, STX-C13-OBz:Saxiphilin molar ratio 1.1:1	分辨率 2.45 Å R-free 0.263

共 14 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAX_LITCT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–844； UniProt 1–844 作者链 B； PDB构建体 1–844； UniProt 1–844

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8d6t
沉积日期 deposition_date	2022-06-06
结构标题 title	Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I:STX (co-crystal)
关键词 keywords	Saxiphilin, Toxin resistance, Saxitoxin, ANTITOXIN; ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.00 Å
零角强度 I(0) i0	524270000.00
分子量 molecular_weight	182030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	225160 Å³
包络体积 envelope_volume	330040 Å³
水化壳体积 shell_volume	61771 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.77 Å
包络 Rg envelope_rg	42.99 Å
形状 Rg shape_rg	44.00 Å
总 Rg total_rg	44.26 Å
总原子数 total_atoms	12694
残基数 n_residues	1636
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	524300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.549
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.707

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Saxiphilin
分子量 formula_weight	93903.0 kDa
突变 mutation	Y558I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	13488

MAPTFQTALFFTIISLSFAAPNAKQVRWCAISDLEQKKCNDLVGSCNVPDITLVCVLRSSTEDCMTAIKDGQADAMFLDSGEVYEASKDPYNLKPIIAEPYSSNRDLQKCLKERQQALAKKMIGHYIPQCDEKGNYQPQQCHGSTGHCWCVNAMGEKISGTNTPPGQTRATCERHELPKCLKERQVALGGDEKVLGRFVPQCDEKGNYEPQQFHGSTGYSWCVNAIGEEIAGTKTPPGKIPATCQKHDLVTTCHYAVAMVKKSSAFQFNQLKGKRSCHSGVSKTDGWKALVTVLVEKKLLSWDGPAKESIQRAMSKFFSVSCIPGATQTNLCKQCKGEEGKNCKNSHDEPYYGNYGAFRCLKEDMGDVAFLRSTALSDEHSEVYELLCPDNTRKPLNKYKECNLGTVPAGTVVTRKISDKTEDINNFLMEAQKRQCKLFSSAHGKDLMFDDSTLQLALLSSEVDAFLYLGVKLFHAMKALTGDAHLPSKNKVRWCTINKLEKMKCDDWSAVSGGAIACTEASCPKGCVKQILKGEADAVKLEVQYMYEALMCGLLPAVEEYHNKDDFGPCKTPGSPITDFGTLRAVALVKKSNKDINWNNIKGKKSCHTGVGDIAGWVIPVSLIRRQNDNSDIDSFFGESCAPGSDTKSNLCKLCIGDPKNSAANTKCSLSDKEAYYGNQGAFRCLVEKGDVAFVPHTVVFENTDGKNPAVWAKNLKSEDFELLCLDGSRAPVSNYKSCKLSGIPPPAIVTREESISDVVRIVANQQSLYGRKGFEKDMFQLFSSNKGNNLLFNDNTQCLITFDRQPKDIMEDYFGKPYYTTVYGASRSAMSSELISACTIKHCSNSLEVL

来源 Source

来源生物 organism	Lithobates catesbeianus
通用名 common_name	American bullfrog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8400
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate
分子量 formula_weight	299.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	794

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8d6tA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.026 Å
晶胞边长 b length_b	107.812 Å
晶胞边长 c length_c	253.579 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	47.500 Å
R 因子 r_factor	0.2086
R_work r_work	0.2073
R_free r_free	0.2337

fit	/app/data/saxs_computation/d6/8d6t/8d6t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d6/8d6t/8d6t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d6/8d6t/8d6t.dat

Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I:STX (co-crystal)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Saxiphilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction