SAXSdb — 8d7e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 4 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–342	未记录	H4H25311P2 antibody Fab fragment light chain × 1 H4H25311P2 antibody Fab fragment heavy chain × 1 REGN8938 antibody Fab fragment light chain × 1 REGN8938 antibody Fab fragment heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8D7E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UC6 Solution Structure of the Carboxyl Terminal Domain of the Ciliary Neurotrophic Factor Receptor 提交 2003-04-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–305（104 aa）片段：Carboxyl Terminal Domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA；压力 ambient NMR样品组成 2mM CNTFR-BC U-15N; 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA \| 90% H2O, 10% D2O, pH 6.5 NMR样品组成 1.3mM CNTFR-BC U-15N,13C; 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA \| 90% H2O, 10% D2O, pH 6.5	分辨率未提供
8D74 Cryo-EM structure of human CNTF signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 23–342（320 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8D7H Cryo-EM structure of human CLCF1 in complex with CRLF1 and CNTFR alpha 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 23–342（320 aa）链 G 23–342（320 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8D7R Cryo-EM structure of human CLCF1 signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 23–346（324 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNTFR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–320； UniProt 23–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8d7e
沉积日期 deposition_date	2022-06-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of human CNTFR alpha in complex with the Fab fragments of two antibodies
关键词 keywords	cytokine signaling, CNTFR alpha, CYTOKINE, antibody, Fab, CYTOKINE-Immune System complex; CYTOKINE/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.65 Å
零角强度 I(0) i0	248875000.00
分子量 molecular_weight	127090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158380 Å³
包络体积 envelope_volume	234560 Å³
水化壳体积 shell_volume	47748 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.67 Å
包络 Rg envelope_rg	43.40 Å
形状 Rg shape_rg	43.64 Å
总 Rg total_rg	43.71 Å
总原子数 total_atoms	8959
残基数 n_residues	1143
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	248800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8513
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.665

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	39170.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	8959

QRHSPQEAPHVQYERLGSDVTLPCGTANWDAAVTWRVNGTDLAPDLLNGSQLVLHGLELGHSGLYACFHRDSWHLRHQVLLHVGLPPREPVLSCRSNTYPKGFYCSWHLPTPTYIPNTFNVTVLHGSKIMVCEKDPALKNRCHIRYMHLFSTIKYKVSISVSNALGHNATAITFDEFTIVKPDPPENVVARPVPSNPRRLEVTWQTPSTWPDPESFPLKFFLRYRPLILDQWQHVELSDGTAHTITDAYAGKEYIIQVAAKDNEIGTWSDWSVAAHATPWTEEPRHLTTEAQAAETTTSTTSSLAPPPTTKICDPGELGSEQKLISEEDLGGEQKLISEEDLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H4H25311P2 antibody Fab fragment light chain
分子量 formula_weight	23447.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H4H25311P2 antibody Fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	23529.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCVASGFTFSTSVMHWVRQAPGKGLEWVANIWYDGINKFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREFWSAFDLWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	REGN8938 antibody Fab fragment light chain
分子量 formula_weight	23439.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	REGN8938 antibody Fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	23922.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QVQLVESGGDVVQPGRSLRLSCAASGFTFSYYGMHWVRQPPGKGLEWVTIISFDGSQKYYADSVKGRFTISRDNSKNTVFLQMNSLRTEDTGFYYCAAQSSTWPEYFQYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	8d7eC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8d7eG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	568328

fit	/app/data/saxs_computation/d7/8d7e/8d7e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/8d7e/8d7e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/8d7e/8d7e.dat

Cryo-EM structure of human CNTFR alpha in complex with the Fab fragments of two antibodies

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)