8d7i

Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 177.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neutrophil elastase

物种未注明

UniProt P08246

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–247 片段:UNP residues 30-247 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 30–247 片段:UNP residues 30-247 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 30–247 片段:UNP residues 30-247 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 30–247 片段:UNP residues 30-247 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 30–247 片段:UNP residues 30-247 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 30–247 片段:UNP residues 30-247 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELNE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 D; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 G; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 J; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 M; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247 作者链 P; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247

Extracellular Adherence Protein

Staphylococcus aureus subsp. aureus

UniProt Q99QS1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 49–145 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 49–145 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 49–145 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 49–145 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 49–145 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 49–145 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Cathepsin G, C-terminal truncated form × 1 (P08311) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAP_STAAM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–100; UniProt 49–145 作者链 E; PDB构建体 4–100; UniProt 49–145 作者链 H; PDB构建体 4–100; UniProt 49–145 作者链 K; PDB构建体 4–100; UniProt 49–145 作者链 N; PDB构建体 4–100; UniProt 49–145 作者链 Q; PDB构建体 4–100; UniProt 49–145

Cathepsin G, C-terminal truncated form

物种未注明

UniProt P08311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–243 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 21–243 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 21–243 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 21–243 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 21–243 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 21–243 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;293 K;0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000 分辨率 3.63 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CATG_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 F; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 I; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 L; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 O; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243 作者链 R; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8d7i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8d7i
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8d7i
沉积日期 deposition_date2022-06-07
结构标题 titleBifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus
关键词 keywordsProtease Inhibitor, Immune Evasion, Neutrophil, S. aureus, PROTEIN BINDING, HYDROLASE-INHIBITOR, PROTEIN BINDING complex; HYDROLASE/INHIBITOR,PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.78
零角强度 I(0) i01948510000.00
分子量 molecular_weight358510.0 kDa
排除体积 excluded_volume445490 ų
包络体积 envelope_volume644260 ų
水化壳体积 shell_volume98548 ų
包络直径 envelope_diameter181.8
壳层 Rg shell_rg57.88
包络 Rg envelope_rg53.33
形状 Rg shape_rg54.77
总 Rg total_rg54.87
总原子数 total_atoms25188
残基数 n_residues3240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax177.8
Rg (实空间) rg_real54.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81
I(0) (实空间) i0_real1.9490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1949000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8826
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.3
偏度 Skewness skewness0.196
峰度 Kurtosis kurtosis-0.547
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66980000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.734

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id8d7iB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id8d7iE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id8d7iH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id8d7iK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id8d7iN01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id8d7iQ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)