SAXSdb — 8dan

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope glycoprotein

Western equine encephalitis virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 798–1235 链 B； UniProt 321–735 链 D； UniProt 798–1235 链 E； UniProt 321–735 链 G； UniProt 798–1235 链 H； UniProt 321–735 链 J； UniProt 798–1235 链 K； UniProt 321–735	未记录	Matrix remodeling-associated protein 8 × 4 （A0A7K7KW08） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.74 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DAN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8DAQ CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP 提交 2022-06-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 798–1235（438 aa）链 B 321–735（415 aa）链 C 798–1235（438 aa）链 D 321–735（415 aa）链 E 798–1235（438 aa）链 F 321–735（415 aa）链 G 798–1235（438 aa）链 H 321–735（415 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.35 Å
8SQN CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the chimeric Du-D1-Mo-D2 MXRA8 receptor 提交 2023-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 798–1235（438 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 D 321–735（415 aa）片段：UNP residues 321-735 链 F 798–1235（438 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 H 321–735（415 aa）片段：UNP residues 321-735 链 J 798–1235（438 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 L 321–735（415 aa）片段：UNP residues 321-735 链 N 798–1235（438 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 P 321–735（415 aa）片段：UNP residues 321-735	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 B 320–722（403 aa）链 E 320–722（403 aa）链 H 320–722（403 aa）链 K 320–722（403 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9DQX Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP 提交 2024-09-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 798–1234（437 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 B 320–725（406 aa）链 D 798–1234（437 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 E 320–725（406 aa）链 G 798–1234（437 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 H 320–725（406 aa）链 J 798–1234（437 aa）片段：UNP residues 798-1235 链 K 320–725（406 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9E96 WEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1 提交 2024-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 330–737（408 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 330–737（408 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 330–737（408 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 330–737（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1W679_WEEV
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 D； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 G； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 J； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 B； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735 作者链 E； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735 作者链 H； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735 作者链 K； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735

Matrix remodeling-associated protein 8

Asarcornis scutulata

UniProt A0A7K7KW08

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 31–295 链 F； UniProt 31–295 链 I； UniProt 31–295 链 L； UniProt 31–295	未记录	E1 envelope glycoprotein × 4 （Q1W679） E2 envelope glycoprotein × 4 （Q1W679） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.74 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7K7KW08_9AVES
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 31–295 作者链 F； PDB构建体 1–265； UniProt 31–295 作者链 I； PDB构建体 1–265； UniProt 31–295 作者链 L； PDB构建体 1–265； UniProt 31–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dan
沉积日期 deposition_date	2022-06-13
结构标题 title	CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor
关键词 keywords	;WEEV, MXRA8, Receptor, Alphavirus, Avian, VLP, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, VIRUS LIKE PARTICLE ;; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.84 Å
零角强度 I(0) i0	3560670000.00
分子量 molecular_weight	497650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	620560 Å³
包络体积 envelope_volume	1038800 Å³
水化壳体积 shell_volume	139130 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.3 Å
壳层 Rg shell_rg	65.43 Å
包络 Rg envelope_rg	59.61 Å
形状 Rg shape_rg	60.77 Å
总 Rg total_rg	61.18 Å
总原子数 total_atoms	68968
残基数 n_residues	4472
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.9 Å
Rg (实空间) rg_real	60.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3563000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8746
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	78.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	316200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.812

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E1 envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	47188.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	68968

FEHATTVPNVPGIPYKALVERAGYAPLNLEITVVSSELTPSTNKEYVTCKFHTVVPSPQVKCCGSLECKASSKADYTCRVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENTQLSEAYVEFAPDCTIDHAVALKVHTAALKVGLRIVYGNTTARLDTFVNGVTPGSSRDLKVIAGPISAAFSPFDHKVVIRKGLVYNYDFPEYGAMNPGAFGDIQASSLDATDIVARTDIRLLKPSVKNIHVPYTQAVSGYEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIEVEPLRATNCAYGHIPISIDIPDAAFVRSSESPTILEVSCTVADCIYSADFGGSLTLQYKANREGHCPVHSHSTTAVLKEATTHVTATGSITLHFSTSSPQANFIVSLCGKKTTCNAECKPPADHIIGEPHKVDQEFQAAVSKTSWNWLLALFGGASSLIVVGLIVLVCSSMLINTR

来源 Source

来源生物 organism	Western equine encephalitis virus
通用名 common_name	WEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11039
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E2 envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	46171.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

ITDDFTLTSPYLGFCPYCRHSAPCFSPIKIENVWDESDDGSIRIQVSAQFGYNQAGTADVTKFRYMSYDHDHDIKEDSMEKLAISTSGPCRRLGHKGYFLLAQCPPGDSVTVSITSGASENSCTVEKKIRRKFVGREEYLFPPVHGKLVKCHVYDHLKETSAGYITMHRPGPHAYKSYLEEASGEVYIKPPSGKNVTYECKCGDYSTGIVSTRTKMNGCTKAKQCIAYKRDQTKWVFNSPDLIRHTDHSVQGKLHIPFRLTPTVCPVPLAHTPTVTKWFKGITLHLTATRPTLLTTRKLGLRADATAEWITGTTSRNFSVGREGLEYVWGNHEPVRVWAQESAPGDPHGWPHEIIIHYYHRHPVYTVIVLCGVALAILVGTASSAACIAKARRDCLTPYALAPNATVPTALAVLC

来源 Source

来源生物 organism	Western equine encephalitis virus
通用名 common_name	WEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11039
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Matrix remodeling-associated protein 8
分子量 formula_weight	30615.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

NSVVVSVLNISATLGSQAVLPCKSYRMVWTQDRLNDRQRVVHWDVYSTYYGDNKMERLCDMYSAGDQRVYSSYNQGRIFMPQNAFTDGNFSLVIKDVAESDGGIYSCNLHHHYCHLYETVKIQLDVTKKAKAAKEYWDGEKAVIVALEGSTVMLPCVNRNQIWTERHSEEEQQVVHWDRQPPGVPHDRADRLIDLYASGERRSYGPLFIRQKMNITDTAFALGDFSLRISELESADEGTYSCHLHHHYCGLHERRIYQVFVTEPV

来源 Source

来源生物 organism	Asarcornis scutulata
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	75869
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	250347

fit	/app/data/saxs_computation/da/8dan/8dan.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/8dan/8dan.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/8dan/8dan.dat

CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Matrix remodeling-associated protein 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)