SAXSdb — 8dcm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB

Clostridioides difficile

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	BINTOXB/22 Fab heavy chain × 1 BINTOXB/22 Fab light chain × 1 CALCIUM ION × 3 SODIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8DS70_CLODI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–705； UniProt 43–746

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dcm
沉积日期 deposition_date	2022-06-16
结构标题 title	Crystal structure of Clostridioides difficile binary toxin proCDTb lacking D4 in complex with BINTOXB/22 Fab
关键词 keywords	virulence, antibodies, neutralization, bacteria, TOXIN, TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex; TOXIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8dcm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8dcm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8dcm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.50 Å
Rg（电子密度）	37.90 Å
总 Rg	38.34 Å
原子数	8817
残基数	1127
排除体积	155880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8dcm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BINTOXB/22 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24863.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9076

QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYTFTNYGMNWVKQAPGKDLKWMGWMSTYTGEPTYADDFKGRFAFSLETSASTAYLQINNLKNEDMATYFCARRGNYLSFDYWGQGTTLTVSSASTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BINTOXB/22 Fab light chain
分子量 formula_weight	23441.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVGWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSPPFTFGSGTELEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATQGTTSIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
分子量 formula_weight	80041.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEIVNEDILPNNGLMGYYFTDEHFKDLKLMAPIKDGNLKFEEKKVDKLLDKDKSDVKSIRWTGRIIPSKDGEYTLSTDRDDVLMQVNTESTISNTLKVNMKKGKEYKVRIELQDKNLGSIDNLSSPNLYWELDGMKKIIPEENLFLRDYSNIEKDDPFIPNNNFFDPKLMSDWEDEDLDTDNDNIPDSYERNGYTIKDLIAVKWEDSFAEQGYKKYVSNYLESNTAGDPYTDYEKASGSFDKAIKTEARDPLVAAYPIVGVGMEKLIISTNEHASTDQGKTVSRATTNSKTESNTAGVSVNVGYQNGFTANVTTNYSHTTDNSTAVQDSNGESWNTGLSINKGESAYINANVRYYNTGTAPMYKVTPTTNLVLDGDTLSTIKAQENQIGNNLSPGDTYPKKGLSPLALNTMDQFSSRLIPINYDQLKKLDAGKQIKLETTQVSGNFGTKNSSGQIVTEGNSWSDYISQIDSISASIILDTENESYERRVTAKNLQDPEDKTPELTIGEAIEKAFGATKKDGLLYFNDIPIDESCVELIFDDNTANKIKDSLKTLSDKKIYNVKLERGMNILIKTPTYFTNFDDYNNYPSTWSNVNTTNQDGLQGSANKLNGETKIKIPMSELKPYKRYVFSGYSKDPLTSNSIIVKIKAKEEKTDYLVPEQGYTKFSYEFETTEKDSSNIEITLIGSGTTYLDNLSITELNSTPEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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晶胞边长 a length_a	70.229 Å
晶胞边长 b length_b	118.480 Å
晶胞边长 c length_c	166.119 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	59.240 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1976
R_free r_free	0.2265

Crystal structure of Clostridioides difficile binary toxin proCDTb lacking D4 in complex with BINTOXB/22 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dcm__assembly_1__model_1

8dcm__assembly_1__model_1 | I(q)

8dcm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Clostridioides difficile binary toxin proCDTb lacking D4 in complex with BINTOXB/22 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dcm__assembly_1__model_1

8dcm__assembly_1__model_1 | I(q)

8dcm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)