8dle

;Crosslinked Crystal Structure of the 8-amino-7-oxonanoate synthase, BioF, and Benzene Sulfonyl Fluoride-crypto Acyl Carrier Protein, BSF-ACP ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dle
沉积日期 deposition_date	2022-07-07
结构标题 title	;Crosslinked Crystal Structure of the 8-amino-7-oxonanoate synthase, BioF, and Benzene Sulfonyl Fluoride-crypto Acyl Carrier Protein, BSF-ACP ;
关键词 keywords	BioF, AONS, crosslinking, ACP, complex, PLP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.16 Å
零角强度 I(0) i0	46440800.00
分子量 molecular_weight	50859.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62873 Å³
包络体积 envelope_volume	84295 Å³
水化壳体积 shell_volume	27445 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.43 Å
包络 Rg envelope_rg	27.12 Å
形状 Rg shape_rg	27.17 Å
总 Rg total_rg	27.70 Å
总原子数 total_atoms	3570
残基数 n_residues	457
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6613
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.755; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	8-amino-7-oxononanoate synthase
分子量 formula_weight	42712.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.47
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3700

MSWQEKINAALDARRAADALRRRYPVAQGAGRWLVADDRQYLNFSSNDYLGLSHHPQIIRAWQQGAEQFGIGSGGSGHVSGYSVVHQALEEELAEWLGYSRALLFISGFAANQAVIAAMMAKEDRIAADRLSHASLLEAASLSPSQLRRFAHNDVTHLARLLASPCPGQQMVVTEGVFSMDGDSAPLAEIQQVTQQHNGWLMVDDAHGTGVIGEQGRGSCWLQKVKPELLVVTFGKGFGVSGAAVLCSSTVADYLLQFARHLIYSTSMPPAQAQALRASLAVIRSDEGDARREKLAALITRFRAGVQDLPFTLADSCSAIQPLIVGDNSRALQLAEKLRQQGCWVTAIRPPTVPAGTARLRLTLTAAHEMQDIDRLLEVLHGNGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8645.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	;N-{(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-[(trihydroxy-lambda~5~-phosphanyl)oxy]butanoyl}-beta-alanyl-N-(2-{4-[fluoro(dihydroxy)-lambda~4~-sulfanyl]phenyl}ethyl)-beta-alaninamide ;
分子量 formula_weight	557.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	90

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8dleB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.490 Å
晶胞边长 b length_b	162.310 Å
晶胞边长 c length_c	70.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	53.570 Å
R 因子 r_factor	0.2053
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2459

fit	/app/data/saxs_computation/dl/8dle/8dle.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dl/8dle/8dle.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dl/8dle/8dle.dat

;Crosslinked Crystal Structure of the 8-amino-7-oxonanoate synthase, BioF, and Benzene Sulfonyl Fluoride-crypto Acyl Carrier Protein, BSF-ACP ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)