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8dmp

Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 134.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MavL

Legionella pneumophila

UniProt Q5ZSJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 42–435 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350 分辨率 2.17 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8DMP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6OMI Crystal structure of the Legionella effector protein MavL 提交 2019-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 42–435（394 aa） 片段：residues 42-435
链 B 42–435（394 aa） 片段：residues 42-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；20% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5
分辨率 2.64 Å R-free 0.253
6OMI Crystal structure of the Legionella effector protein MavL 提交 2019-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 42–435（394 aa） 片段：residues 42-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；20% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5
分辨率 2.64 Å R-free 0.253
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 42–435（394 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 42–435（394 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMR Legionella macrodomain effector MavL R370A in complex with ADP-ribose 提交 2022-07-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 42–435（394 aa）
突变：R370A AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.86 Å R-free 0.180
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 42–435（394 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 42–435（394 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8XEP Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin 提交 2023-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–455（455 aa）
链 D 1–455（455 aa）
突变：C226A 突变：C226A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；100 mM sodium acetate, pH 6.0, 160 mM ammonium sulfate, 21% PEG 4000, 20% glycerol
分辨率 2.95 Å R-free 0.228

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5ZSJ1_LEGPH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 B； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 C； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 D； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 E； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 F； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 G； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435 作者链 H； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dmp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dmp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8dmp
沉积日期 deposition_date2022-07-08
结构标题 titleCrystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL
关键词 keywordsMacrodomain, Effector, Glycohydrolase, ANTITOXIN; ANTITOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.75 Å
零角强度 I(0) i01516300000.00
分子量 molecular_weight323100.0 kDa
排除体积 excluded_volume403560 ų
包络体积 envelope_volume539330 ų
水化壳体积 shell_volume96019 ų
包络直径 envelope_diameter137.7 Å
壳层 Rg shell_rg53.71 Å
包络 Rg envelope_rg43.01 Å
形状 Rg shape_rg44.74 Å
总 Rg total_rg45.12 Å
总原子数 total_atoms22812
残基数 n_residues2963
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax134.1 Å
Rg (实空间) rg_real45.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5160e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1517000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.3 Å
偏度 Skewness skewness-0.056
峰度 Kurtosis kurtosis-0.504
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha174300000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.810
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)