SAXSdb — 8dmr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MavL

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 42–435	突变：R370A	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.180

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DMR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OMI Crystal structure of the Legionella effector protein MavL 提交 2019-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–435（394 aa）片段：residues 42-435 链 B 42–435（394 aa）片段：residues 42-435	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；20% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5	分辨率 2.64 Å R-free 0.253
6OMI Crystal structure of the Legionella effector protein MavL 提交 2019-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 42–435（394 aa）片段：residues 42-435	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；20% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5	分辨率 2.64 Å R-free 0.253
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMP Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain effector MavL 提交 2022-07-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 42–435（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.17 Å R-free 0.214
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–435（394 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 42–435（394 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–435（394 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 42–435（394 aa）	未记录	AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8XEP Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin 提交 2023-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–455（455 aa）链 D 1–455（455 aa）	突变：C226A 突变：C226A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；100 mM sodium acetate, pH 6.0, 160 mM ammonium sulfate, 21% PEG 4000, 20% glycerol	分辨率 2.95 Å R-free 0.228

共 5 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZSJ1_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–399； UniProt 42–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dmr
沉积日期 deposition_date	2022-07-08
结构标题 title	Legionella macrodomain effector MavL R370A in complex with ADP-ribose
关键词 keywords	Complex, Macrodomain, Metaeffector, ANTITOXIN; ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.71 Å
零角强度 I(0) i0	29763200.00
分子量 molecular_weight	41392.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51521 Å³
包络体积 envelope_volume	58315 Å³
水化壳体积 shell_volume	23813 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.07 Å
包络 Rg envelope_rg	20.10 Å
形状 Rg shape_rg	19.70 Å
总 Rg total_rg	20.67 Å
总原子数 total_atoms	5587
残基数 n_residues	373
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9026
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6964000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MavL
分子量 formula_weight	44094.5 kDa
突变 mutation	R370A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5896

GPLGSAYQLLLSKETLNKILQYKQNLEKGLATPGKFFLEELSKQEKSISEMDITTFTQLLIQSKKPQVFAESQVYHDGTDWTLEEESILGDVSVNMPVTMYNDGGHGSSFKNHPKPISGYLAYVPGALLASGSGPTSDMKEVLDNGKLNQDKLNALYERRLLPQLIHFNELARQNEKQAAITIPGIGTGCFSGAYYDVIKPYVRNALIHILEKHKDSLPYIDIIHYDPYMGDEPAEKKIGHMSFRVSPSGVVRGTTGQLDYPLGSNPDTHILVSIVAWDHFSWPGNDYWGGARQTDDGVKAASTDTMGQVTGATGVYDKKWGRYMPPESFTKDAKGMSDWGDYVRENGIVFNGPVLALDKSGKLDTLENVASRSSKAKVETTTTISDLVRSMFSLFSHS

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	298

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.557 Å
晶胞边长 b length_b	95.557 Å
晶胞边长 c length_c	54.046 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	42.210 Å
R 因子 r_factor	0.1520
R_work r_work	0.1506
R_free r_free	0.1798

fit	/app/data/saxs_computation/dm/8dmr/8dmr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/8dmr/8dmr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/8dmr/8dmr.dat

Legionella macrodomain effector MavL R370A in complex with ADP-ribose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MavL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction