8dyd

Crystal structure of human SDHA-SDHAF2-SDHAF4 assembly intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial × 1 （Q9NX18） Succinate dehydrogenase assembly factor 4, mitochondrial × 1 （Q5VUM1） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 POTASSIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 30 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–632； UniProt 44–664

Succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9NX18

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （P31040） Succinate dehydrogenase assembly factor 4, mitochondrial × 1 （Q5VUM1） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 POTASSIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 30 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–137； UniProt 30–166

Succinate dehydrogenase assembly factor 4, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q5VUM1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （P31040） Succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial × 1 （Q9NX18） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 POTASSIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 30 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 24–98； UniProt 34–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dyd
沉积日期 deposition_date	2022-08-04
结构标题 title	Crystal structure of human SDHA-SDHAF2-SDHAF4 assembly intermediate
关键词 keywords	SDHA, FLAVOPROTEIN, SDHAF2, SDHAF4, ASSEMBLY INTERMEDIATE, RESPIRATORY COMPLEX, OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8dyd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8dyd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8dyd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.84 Å
Rg（电子密度）	24.84 Å
总 Rg	25.68 Å
原子数	11818
残基数	767
排除体积	109270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8dyd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	69416.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12592

MRGSHHHHHHGSAKVSDSISAQYPVVDHEFDAVVVGAGGAGLRAAFGLSEAGFNTACVTKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMEEDNWRWHFYDTVKGSDWLGDQDAIHYMTEQAPAAVVELENYGMPFSRTEDGKIYQRAFGGQSLKFGKGGQAHRCCCVADRTGHSLLHTLYGRSLRYDTSYFVEYFALDLLMENGECRGVIALCIEDGSIHRIRAKNTVVATGGYGRTYFSCTSAHTSTGDGTAMITRAGLPCQDLEFVQFHPTGIYGAGCLITEGCRGEGGILINSQGERFMERYAPVAKDLASRDVVSRSMTLEIREGRGCGPEKDHVYLQLHHLPPEQLATRLPGISETAMIFAGVDVTKEPIPVLPTVHYNMGGIPTNYKGQVLRHVNGQDQIVPGLYACGEAACASVHGANRLGANSLLDLVVFGRACALSIEESCRPGDKVPPIKPNAGEESVMNLDKLRFADGSIRTSELRLSMQKSMQNHAAVFRVGSVLQEGCGKISKLYGDLKHLKTFDRGMVWNTDLVETLELQNLMLCALQTIYGAEARKESRGAHAREDYKVRIDEYDYSKPIQGQQKKPFEEHWRKHTLSYVDVGTGKVTLEYRPVIDKTLNEADCATVPPAIRSY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	16592.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SFRRFYRGDSPTDSQKDMIEIPLPPWQERTDESIETKRARLLYESRKRGMLENCILLSLFAKEHLQHMTEKQLNLYDRLINEPSNDWDIYYWATEAKPAPEIFENEVMALLRDFAKNKNKEQRLRAPDLEYLFEKPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase assembly factor 4, mitochondrial
分子量 formula_weight	11227.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRSHHHHHHENLYFQGIDPFTGSSSSQGGKSELVKQSLKKPKLPEGRFDAPEDSHLEKEPLEKFPDDVNPVTKEKGGPRGPEPTRYGDWERKGRCIDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	519

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晶胞边长 a length_a	66.048 Å
晶胞边长 b length_b	103.206 Å
晶胞边长 c length_c	126.237 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.520 Å
最低分辨率 resolution_low	35.490 Å
R 因子 r_factor	0.1581
R_work r_work	0.1567
R_free r_free	0.1842

Crystal structure of human SDHA-SDHAF2-SDHAF4 assembly intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Succinate dehydrogenase assembly factor 4, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dyd__assembly_1__model_1

8dyd__assembly_1__model_1 | I(q)

8dyd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human SDHA-SDHAF2-SDHAF4 assembly intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase assembly factor 4, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dyd__assembly_1__model_1

8dyd__assembly_1__model_1 | I(q)

8dyd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)