SAXSdb — 8eap

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail needle protein gp26

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–64 链 B； UniProt 3–64 链 C； UniProt 3–64	未记录	Packaged DNA stabilization protein gp10 × 6 （P26749）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EAP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3C9I Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas 提交 2008-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）链 B 1–233（233 aa）链 C 1–233（233 aa）	突变：L222M 突变：L222M 突变：L222M	XE XENON × 7 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；298 K；18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.95 Å R-free 0.269
3C9I Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas 提交 2008-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–233（233 aa）链 E 1–233（233 aa）链 F 1–233（233 aa）	突变：L222M 突变：L222M 突变：L222M	XE XENON × 7 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；298 K；18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.95 Å R-free 0.269
4ZKP P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 7.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）	突变：L222M	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；40% PEG 1000, 0.1M MOPS pH7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.189
4ZKP P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 7.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–233（233 aa）	突变：L222M	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；40% PEG 1000, 0.1M MOPS pH7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.189
4ZKU P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 10.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）	突变：L222M	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；40% PEG 4000, 0.1M CAPS pH 10.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4ZKU P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 10.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–233（233 aa）	突变：L222M	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；40% PEG 4000, 0.1M CAPS pH 10.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4ZXQ P22 Tail Needle Gp26 1-140 crystallized at pH 3.9 提交 2015-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–140（140 aa）链 B 1–140（140 aa）链 C 1–140（140 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293 K；20% PEG 8000, 0.05 M Potassium phosphate monobasic pH 3.9	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
4ZXQ P22 Tail Needle Gp26 1-140 crystallized at pH 3.9 提交 2015-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–140（140 aa）链 E 1–140（140 aa）链 F 1–140（140 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293 K；20% PEG 8000, 0.05 M Potassium phosphate monobasic pH 3.9	分辨率 2.75 Å R-free 0.252

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEEDL_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–62； UniProt 3–64 作者链 B； PDB构建体 1–62； UniProt 3–64 作者链 C； PDB构建体 1–62； UniProt 3–64

Packaged DNA stabilization protein gp10

物种未注明

UniProt P26749

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2–472 链 E； UniProt 2–472 链 F； UniProt 2–472 链 G； UniProt 2–472 链 H； UniProt 2–472 链 I； UniProt 2–472	未记录	Tail needle protein gp26 × 3 （P35837）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EAP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8EB7 Cryo-EM structure of the in-situ gp4-gp10-gp9N from bacteriophage P22 提交 2022-08-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 R 2–472（471 aa）链 S 2–472（471 aa）链 T 2–472（471 aa）链 U 2–472（471 aa）链 V 2–472（471 aa）链 W 2–472（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8TVR In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 tail hub protein: tailspike protein complex at 2.8A resolution 提交 2023-08-18	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 G 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）链 O 1–472（472 aa）链 S 1–472（472 aa）链 T 1–472（472 aa）链 Y 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8U10 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 1 1–472（472 aa）链 2 1–472（472 aa）链 3 1–472（472 aa）链 4 1–472（472 aa）链 5 1–472（472 aa）链 6 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8U11 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 1 1–472（472 aa）链 2 1–472（472 aa）链 3 1–472（472 aa）链 4 1–472（472 aa）链 5 1–472（472 aa）链 6 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG10_BPP22
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 E； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 F； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 G； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 H； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472 作者链 I； PDB构建体 1–471； UniProt 2–472

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eap
沉积日期 deposition_date	2022-08-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of the in-situ gp10-gp26 from bacteriophage P22
关键词 keywords	Bacteriophage P22, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.79 Å
零角强度 I(0) i0	1646350000.00
分子量 molecular_weight	333500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	415570 Å³
包络体积 envelope_volume	550800 Å³
水化壳体积 shell_volume	99624 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.7 Å
壳层 Rg shell_rg	54.05 Å
包络 Rg envelope_rg	41.54 Å
形状 Rg shape_rg	42.79 Å
总 Rg total_rg	43.23 Å
总原子数 total_atoms	23485
残基数 n_residues	3011
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1647000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8638
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.641
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	242300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.335

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tail needle protein gp26
分子量 formula_weight	6524.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	23485

DPSLNNPVVIQATRLDASILPRNVFSKSYLLYVIAQGTDVGAIAGKANEAGQGAYDAQVKND

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Packaged DNA stabilization protein gp10
分子量 formula_weight	52410.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,E,D,F

PIQQLPMMKGMGKDFKNADYIDYLPVNMLATPKEILNSSGYLRSFPGITKRYDMNGVSRGVEYNTAQNAVYRVCGGKLYKGESEVGDVAGSGRVSMAHGRTSQAVGVNGQLVEYRYDGTVKTVSNWPADSGFTQYELGSVRDITRLRGRYAWSKDGTDSWFITDLEDESHPDRYSAQYRAESQPDGIIGIGTWRDFIVCFGSSTIEYFSLTGATTAGAALYVAQPSLMVQKSIAGTYCKTPFADSYAFISHPATGAPSVYIIGSGQASPIATASIEKIIRSYTAEEMATGVMETLRFDSHELLIIHLPRHVLVYDASSSQNGPQWCVLKTGLYDDVYRGVDFMYEGNQITCGDKSEAVVGQLQFDISSQYDKQQEHLLFTPLFKADNARCFDLEVESSTGVAQYADRLFLSATTDGINYGREQMIEQNEPFVYDKRVLWKRVGRIRRLIGFKLRVITKSPVTLSGCQIRLE

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8eapA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	8eapC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	106070

fit	/app/data/saxs_computation/ea/8eap/8eap.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/8eap/8eap.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/8eap/8eap.dat

Cryo-EM structure of the in-situ gp10-gp26 from bacteriophage P22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail needle protein gp26

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Packaged DNA stabilization protein gp10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)