8ect

F93AL57A Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in Complex with NADH and N-Cyclohexylformamide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ect
沉积日期 deposition_date	2022-09-02
结构标题 title	F93AL57A Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in Complex with NADH and N-Cyclohexylformamide
关键词 keywords	Ternary complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.63 Å
零角强度 I(0) i0	104533000.00
分子量 molecular_weight	81227.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101830 Å³
包络体积 envelope_volume	118740 Å³
水化壳体积 shell_volume	34183 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.94 Å
包络 Rg envelope_rg	29.89 Å
形状 Rg shape_rg	29.64 Å
总 Rg total_rg	30.11 Å
总原子数 total_atoms	5662
残基数 n_residues	748
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8458
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.504
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.261
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.716; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.854; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Alcohol dehydrogenase E chain
分子量 formula_weight	39920.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.1
突变 mutation	F93A L57A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6356

GAGSTAGKVIKCKAAVLWEEKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVATGICRSDDHVVSGTAVTPLPVIAGHEAAGIVESIGEGVTTVRPGDKVIPLATPQCGKCRVCKHPEGNFCLKNDLSMPRGTMQDGTSRFTCRGKPIHHFLGTSTFSQYTVVDEISVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTGYGSAVKVAKVTQGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIGVDINKDKFAKAKEVGATECVNPQDYKKPIQEVLTEMSNGGVDFSFEVIGRLDTMVTALSCCQEAYGVSVIVGVPPDSQNLSMNPMLLLSGRTWKGAIFGGFKSKDSVPKLVADFMAKKFALDPLITHVLPFEKINEGFDLLRSGESIRTILTF

来源 Source

来源生物 organism	Equus caballus
通用名 common_name	horse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9796
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CYCLOHEXYLFORMAMIDE
分子量 formula_weight	127.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	666

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8ectA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	8ectB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.010 Å
晶胞边长 b length_b	49.940 Å
晶胞边长 c length_c	92.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.67 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	108.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	37.430 Å
R 因子 r_factor	0.1787
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.1915

fit	/app/data/saxs_computation/ec/8ect/8ect.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ec/8ect/8ect.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ec/8ect/8ect.dat