8et0

Crystal Complex of murine Cyclooxygenase-2 with alpaca nanobody F9

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8et0
沉积日期 deposition_date	2022-10-15
结构标题 title	Crystal Complex of murine Cyclooxygenase-2 with alpaca nanobody F9
关键词 keywords	cyclooxygenase, nanobody, protein-antibody complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.89 Å
零角强度 I(0) i0	345483000.00
分子量 molecular_weight	151990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	190790 Å³
包络体积 envelope_volume	231720 Å³
水化壳体积 shell_volume	55677 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.86 Å
包络 Rg envelope_rg	32.99 Å
形状 Rg shape_rg	32.87 Å
总 Rg total_rg	33.63 Å
总原子数 total_atoms	10723
残基数 n_residues	1312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	345500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Prostaglandin G/H synthase 2
分子量 formula_weight	67332.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11234

ANPCCSNPCQNRGECMSTGFDQYKCDCTRTGFYGENCTTPEFLTRIKLLLKPTPNTVHYILTHFKGVWNIVNNIPFLRSLIMKYVLTSRSYLIDSPPTYNVHYGYKSWEAFSNLSYYTRALPPVADDCPTPMGVKGNKELPDSKEVLEKVLLRREFIPDPQGSNMMFAFFAQHFTHQFFKTDHKRGPGFTRGLGHGVDLNHIYGETLDRQHKLRLFKDGKLKYQVIGGEVYPPTVKDTQVEMIYPPHIPENLQFAVGQEVFGLVPGLMMYATIWLREHNRVCDILKQEHPEWGDEQLFQTSRLILIGETIKIVIEDYVQHLSGYHFKLKFDPELLFNQQFQYQNRIASEFNTLYHWHPLLPDTFNIEDQEYSFKQFLYNNSILLEHGLTQFVESFTRQIAGRVAGGRNVPIAVQAVAKASIDQSREMKYQSLNEYRKRFSLKPYTSFEELTGEKEMAAELKALYSDIDVMELYPALLVEKPRPDAIFGETMVELGAPFSLKGLMGNPICSPQYWKPSTFGGEVGFKIINTASIQSLICNNVKGCPFTSFNVQDPQPTKTATINASASHSRLDDINPTVLIKRRSTEL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	anti-cox-2 alpaca nanobody F9
分子量 formula_weight	15244.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

AQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGSIFSIREWGWYRQAPGKQRELVATITSGGTTNYADSVRGRFTISRDNAKDTVYLQMNSLTPEDTAVYYCNAESDGWYGLSYWGQGTQVTVGPGGQHHHHHHGAYPYDVPDYAS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
通用名 common_name	alpaca
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	IBUPROFEN
分子量 formula_weight	206.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	511

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	141.526 Å
晶胞边长 b length_b	141.526 Å
晶胞边长 c length_c	90.429 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	76.200 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/et/8et0/8et0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/et/8et0/8et0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/et/8et0/8et0.dat

Crystal Complex of murine Cyclooxygenase-2 with alpaca nanobody F9

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)