SAXSdb — 8ez2

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ez2
沉积日期 deposition_date	2022-10-31
结构标题 title	Plasmodium falciparum M1 in complex with inhibitor 15ag
关键词 keywords	Malaria, metalloaminopeptidase, inhibitor complex, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex; HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.14 Å
零角强度 I(0) i0	159165000.00
分子量 molecular_weight	103040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129920 Å³
包络体积 envelope_volume	151780 Å³
水化壳体积 shell_volume	43289 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.77 Å
包络 Rg envelope_rg	28.34 Å
形状 Rg shape_rg	28.15 Å
总 Rg total_rg	28.87 Å
总原子数 total_atoms	7262
残基数 n_residues	890
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	159200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.274
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.257
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.945

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	M1 family aminopeptidase
分子量 formula_weight	104834.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8277

MEPKIHYRKDYKPSGFIINQVTLNINIHDQETIVRSVLDMDISKHNVGEDLVFDGVGLKINEISINNKKLVEGEEYTYDNEFLTIFSKFVPKSKFAFSSEVIIHPETNYALTGLYKSKNIIVSQCEATGFRRITFFIDRPDMMAKYDVTVTADKEKYPVLLSNGDKVNEFEIPGGRHGARFNDPPLKPCYLFAVVAGDLKHLSATYITKYTKKKVELYVFSEEKYVSKLQWALECLKKSMAFDEDYFGLEYDLSRLNLVAVSDFNVGAMENKGLNIFNANSLLASKKNSIDFSYARILTVVGHEYFHQYTGNRVTLRDWFQLTLKEGLTVHRENLFSEEMTKTVTTRLSHVDLLRSVQFLEDSSPLSHPIRPESYVSMENFYTTTVYDKGSEVMRMYLTILGEEYYKKGFDIYIKKNDGNTATCEDFNYAMEQAYKMKKADNSANLNQYLLWFSQSGTPHVSFKYNYDAEKKQYSIHVNQYTKPDENQKEKKPLFIPISVGLINPENGKEMISQTTLELTKESDTFVFNNIAVKPIPSLFRGFSAPVYIEDQLTDEERILLLKYDSDAFVRYNSCTNIYMKQILMNYNEFLKAKNEKLESFQLTPVNAQFIDAIKYLLEDPHADAGFKSYIVSLPQDRYIINFVSNLDTDVLADTKEYIYKQIGDKLNDVYYKMFKSLEAKADDLTYFNDESHVDFDQMNMRTLRNTLLSLLSKAQYPNILNEIIEHSKSPYPSNWLTSLSVSAYFDKYFELYDKTYKLSKDDELLLQEWLKTVSRSDRKDIYEILKKLENEVLKDSKNPNDIRAVYLPFTNNLRRFHDISGKGYKLIAEVITKTDKFNPMVATQLCEPFKLWNKLDTKRQELMLNEMNTMLQEPQISNNLKEYLLRLTNKLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-[(1R)-1-(4-bromophenyl)-2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-N~2~-(3-fluorophenyl)glycinamide
分子量 formula_weight	396.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	933

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8ez2A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	8ez2A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	74.996 Å
晶胞边长 b length_b	108.318 Å
晶胞边长 c length_c	117.486 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	43.910 Å
R 因子 r_factor	0.1649
R_work r_work	0.1627
R_free r_free	0.2071

fit	/app/data/saxs_computation/ez/8ez2/8ez2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ez/8ez2/8ez2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ez/8ez2/8ez2.dat

Plasmodium falciparum M1 in complex with inhibitor 15ag

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution