SAXSdb — 8fk9

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Evasin P991

Amblyomma cajennense

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–136 链 B； UniProt 29–136	未记录	C-C motif chemokine 16 × 2 （O15467）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M HEPES 7 pH, 0.5 %v/v Jeff ED-2001, 1.1 M Na2 Malon	分辨率 2.70 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EV991_AMBCJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 29–136 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 29–136

C-C motif chemokine 16

Homo sapiens

UniProt O15467

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–120 链 D； UniProt 23–120	未记录	Evasin P991 × 2 （A0A023FFD0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M HEPES 7 pH, 0.5 %v/v Jeff ED-2001, 1.1 M Na2 Malon	分辨率 2.70 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8FK9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LTL Structure of human chemokine CCL16 提交 2016-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–120（97 aa）链 B 24–120（97 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M sodium phosphate, 0.5 M sodium chloride, 10 % (v/v) glycerol, 1.6 M sodium citrate	分辨率 1.45 Å R-free 0.198
7SCT Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Human Chemokine CCL16 提交 2021-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–120（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.26 M (NH4)2SO4 (Precipitant),0.1 M HEPES 7.5 pH (Buffer)	分辨率 1.84 Å R-free 0.210

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL16_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–100； UniProt 23–120 作者链 D； PDB构建体 3–100； UniProt 23–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fk9
沉积日期 deposition_date	2022-12-21
结构标题 title	Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-ACA1001 Complexed to Human Chemokine CCL16
关键词 keywords	Evasin, Chemokine-binding protein, ticks, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.74 Å
零角强度 I(0) i0	17363900.00
分子量 molecular_weight	31139.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38700 Å³
包络体积 envelope_volume	49370 Å³
水化壳体积 shell_volume	18830 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.82 Å
包络 Rg envelope_rg	22.50 Å
形状 Rg shape_rg	22.76 Å
总 Rg total_rg	23.49 Å
总原子数 total_atoms	2174
残基数 n_residues	296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9125
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1424000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.974

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Evasin P991
分子量 formula_weight	11940.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2217

ENGEGTTQPDYDNSTDYYNYEDFKCTCPAPHLNNTNGTVMKPIGCYYTCNVTRCTAPDTYPCYNLTEHQAKNLTTSPTTLCAVGNCDHGICVPNGTKELCFKAPNLEE

来源 Source

来源生物 organism	Amblyomma cajennense
通用名 common_name	Cayenne tick
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34607
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-C motif chemokine 16
分子量 formula_weight	11458.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPSQPKVPEWVNTPSTCCLKYYEKVLPRRLVVGYRKALNCHLPAIIFVTKRNREVCTNPNDDWVQEYIKDPNLPLLPTRNLSTVKIITAKNGQPQLLNSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	117.062 Å
晶胞边长 b length_b	122.801 Å
晶胞边长 c length_c	60.501 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	42.370 Å
R 因子 r_factor	0.2534
R_work r_work	0.2528
R_free r_free	0.2661

fit	/app/data/saxs_computation/fk/8fk9/8fk9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/8fk9/8fk9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/8fk9/8fk9.dat

Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-ACA1001 Complexed to Human Chemokine CCL16

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Evasin P991

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-C motif chemokine 16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)