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8fkm

Human Atg3 with deletions of residues 1 to 25 and 90 to 190

Method: SOLUTION NMR Dmax: 54.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

Homo sapiens

UniProt Q9NT62

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–314 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）NaCl 150；压力 1 NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 96% H2O/4% D2O | 96% H2O/4% D2O NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 6.5 mg/mL Pf1 phage, 96% H2O/4% D2O | 96% H2O/4% D2O NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 7 % positive gel, 96% H2O/4% D2O | 96% H2O/4% D2O NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 5 % negative gel, 96% H2O/4% D2O | 96% H2O/4% D2O NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 5 % neutral gel, 96% H2O/4% D2O | 96% H2O/4% D2O NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 92% H2O/8% D2O | 92% H2O/8% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8FKM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 140–170（31 aa） 片段：UNP residues 140-170
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 140–170（31 aa） 片段：UNP residues 140-170
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 140–170（31 aa） 片段：UNP residues 140-170
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 140–170（31 aa） 片段：UNP residues 140-170
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.215
9E8P Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate 提交 2024-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–91（66 aa）
链 A 148–181（34 aa）
链 A 193–314（122 aa）
突变：C264K 突变：C264K 突变：C264K SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.1 mM Tris pH8.5, 25%(w/v) PEG3550
分辨率 2.70 Å R-free 0.249
9E8P Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate 提交 2024-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–91（66 aa）
链 B 148–181（34 aa）
链 B 193–314（122 aa）
突变：C264K 突变：C264K 突变：C264K EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.1 mM Tris pH8.5, 25%(w/v) PEG3550
分辨率 2.70 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATG3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 1–314

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fkm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fkm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fkm
沉积日期 deposition_date2022-12-21
结构标题 titleHuman Atg3 with deletions of residues 1 to 25 and 90 to 190
关键词 keywordsConjugase, Atg3, Autophagy, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.75 Å
零角强度 I(0) i0641501000.00
分子量 molecular_weight220560.0 kDa
排除体积 excluded_volume278190 ų
包络体积 envelope_volume45744 ų
水化壳体积 shell_volume20422 ų
包络直径 envelope_diameter59.6 Å
壳层 Rg shell_rg25.08 Å
包络 Rg envelope_rg18.66 Å
形状 Rg shape_rg16.71 Å
总 Rg total_rg17.09 Å
总原子数 total_atoms30900
残基数 n_residues1890
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.4 Å
Rg (实空间) rg_real17.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real6.4150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal641500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8186
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.7 Å
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.386
角度范围 angular_range— – 0.4600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1159000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8fkmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)