8fr4

Carbonic Anhydrase IX-mimic in complex with the alkyl urea compound 3j

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–260 突变:A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A ZN ZINC ION × 1 N7S 4-hydroxy-3-{[(4-hydroxybutyl)carbamoyl]amino}benzene-1-sulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris base 分辨率 1.12 Å R-free 0.173

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–257; UniProt 4–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fr4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fr4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fr4
沉积日期 deposition_date2023-01-06
结构标题 titleCarbonic Anhydrase IX-mimic in complex with the alkyl urea compound 3j
关键词 keywordsInhibitor, METAL BINDING PROTEIN, Lyase; METAL BINDING PROTEIN, Lyase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.33
零角强度 I(0) i014892800.00
分子量 molecular_weight29262.0 kDa
排除体积 excluded_volume36675 ų
包络体积 envelope_volume40642 ų
水化壳体积 shell_volume19083 ų
包络直径 envelope_diameter59.3
壳层 Rg shell_rg24.04
包络 Rg envelope_rg17.67
形状 Rg shape_rg17.30
总 Rg total_rg18.39
总原子数 total_atoms2069
残基数 n_residues257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.0
Rg (实空间) rg_real18.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real1.4890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14890000.0000
解质量估计 total_estimate0.8944
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.071
峰度 Kurtosis kurtosis-0.462
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2672000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8fr4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)