8fuj

;HIV-1 wild type protease with GRL-03419A, with N-(2,5-dimethylphenyl)-4-(pyridin-3-yl)pyrimidin-2-amine as P2-P3 group and 3,5-difluorophenylmethyl as the P1 group ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fuj
沉积日期 deposition_date	2023-01-17
结构标题 title	;HIV-1 wild type protease with GRL-03419A, with N-(2,5-dimethylphenyl)-4-(pyridin-3-yl)pyrimidin-2-amine as P2-P3 group and 3,5-difluorophenylmethyl as the P1 group ;
关键词 keywords	ASPARTIC ACID PROTEASE, HIV-1 PROTEASE, INHIBITORS, pyridylpyrimidine, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.20 Å
零角强度 I(0) i0	8154020.00
分子量 molecular_weight	22543.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28944 Å³
包络体积 envelope_volume	32438 Å³
水化壳体积 shell_volume	16054 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.09 Å
包络 Rg envelope_rg	17.59 Å
形状 Rg shape_rg	17.18 Å
总 Rg total_rg	18.27 Å
总原子数 total_atoms	1581
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8154000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6534
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.340
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.241
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3151000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.408; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Protease
分子量 formula_weight	10740.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.16
突变 mutation	Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2255

PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	;N-{(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-[(4-methoxybenzene-1-sulfonyl)(2-methylpropyl)amino]butan-2-yl}-4-methyl-3-{[(4M)-4-(pyridin-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino}benzamide ;
分子量 formula_weight	730.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	312

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.609 Å
晶胞边长 b length_b	86.214 Å
晶胞边长 c length_c	46.189 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.120 Å
最低分辨率 resolution_low	36.300 Å
R 因子 r_factor	0.1213
R_work r_work	0.1206
R_free r_free	0.1358

fit	/app/data/saxs_computation/fu/8fuj/8fuj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fu/8fuj/8fuj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fu/8fuj/8fuj.dat