SAXSdb — 8g0m

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g0m
沉积日期 deposition_date	2023-01-31
结构标题 title	Structure of complex between TV6.6 and CD98hc ECD
关键词 keywords	Transport vehicle, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.12 Å
零角强度 I(0) i0	78632500.00
分子量 molecular_weight	71138.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89586 Å³
包络体积 envelope_volume	113660 Å³
水化壳体积 shell_volume	31999 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.14 Å
包络 Rg envelope_rg	31.41 Å
形状 Rg shape_rg	31.11 Å
总 Rg total_rg	31.63 Å
总原子数 total_atoms	10018
残基数 n_residues	620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8557
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.305
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	14640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.771; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.935

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子量 formula_weight	46951.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10175

ELPAQKWWHTGALYRIGDLQAFQGHGAGNLAGLKGRLDYLSSLKVKGLVLGPIHKNQKDDVAQTDLLQIDPNFGSKEDFDSLLQSAKKKSIRVILDLTPNYRGENSWFSTQVDTVATKVKDALEFWLQAGVDGFQVRDIENLKDASSFLAEWQNITKGFSEDRLLIAGTNSSDLQQILSLLESNKDLLLTSSYLSDSGSTGEHTKSLVTQYLNATGNRWCSWSLSQARLLTSFLPAQLLRLYQLMLFTLPGTPVFSYGDEIGLDAAALPGQPMEAPVMLWDESSFPDIPGAVSANMTVKGQSEDPGSLLSLFRRLSDQRSKERSLLHGDFHAFSAGPGLFSYIRHWDQNERFLVVLNFGDVGLSAGLQASDLPASASLPAKADLLLSTQPGREEGSPLELERLKLEPHEGLLLRFPYAAENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	TV 6.6 Fc fragment
分子量 formula_weight	25757.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVLWNSRFVLENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNIFACNVYHEALHNHYTFKNLALSPGK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1422.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	136.152 Å
晶胞边长 b length_b	167.126 Å
晶胞边长 c length_c	83.677 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	44.680 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/g0/8g0m/8g0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/8g0m/8g0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/8g0m/8g0m.dat

Structure of complex between TV6.6 and CD98hc ECD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)