8gs8

cryo-EM structure of the human respiratory complex II

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial × 1 （P21912） Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial × 1 （Q99643） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial × 1 （O14521） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 UBIQUINONE-1 × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–664； UniProt 1–664

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P21912

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （P31040） Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial × 1 （Q99643） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial × 1 （O14521） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 UBIQUINONE-1 × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280

Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q99643

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （P31040） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial × 1 （P21912） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial × 1 （O14521） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 UBIQUINONE-1 × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C560_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt O14521

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （P31040） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial × 1 （P21912） Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial × 1 （Q99643） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 UBIQUINONE-1 × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gs8
沉积日期 deposition_date	2022-09-05
结构标题 title	cryo-EM structure of the human respiratory complex II
关键词 keywords	succinate dehydrogenase, electron transport chain, human mitochondria, OXIDOREDUCTASE, oxidative phosphorylation; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8gs8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8gs8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8gs8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.63 Å
Rg（电子密度）	33.21 Å
总 Rg	33.45 Å
原子数	8637
残基数	1090
排除体积	154220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8gs8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	72786.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8637

MSGVRGLSRLLSARRLALAKAWPTVLQTGTRGFHFTVDGNKRASAKVSDSISAQYPVVDHEFDAVVVGAGGAGLRAAFGLSEAGFNTACVTKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMEEDNWRWHFYDTVKGSDWLGDQDAIHYMTEQAPAAVVELENYGMPFSRTEDGKIYQRAFGGQSLKFGKGGQAHRCCCVADRTGHSLLHTLYGRSLRYDTSYFVEYFALDLLMENGECRGVIALCIEDGSIHRIRAKNTVVATGGYGRTYFSCTSAHTSTGDGTAMITRAGLPCQDLEFVQFHPTGIYGAGCLITEGCRGEGGILINSQGERFMERYAPVAKDLASRDVVSRSMTLEIREGRGCGPEKDHVYLQLHHLPPEQLATRLPGISETAMIFAGVDVTKEPIPVLPTVHYNMGGIPTNYKGQVLRHVNGQDQIVPGLYACGEAACASVHGANRLGANSLLDLVVFGRACALSIEESCRPGDKVPPIKPNAGEESVMNLDKLRFADGSIRTSELRLSMQKSMQNHAAVFRVGSVLQEGCGKISKLYGDLKHLKTFDRGMVWNTDLVETLELQNLMLCALQTIYGAEARKESRGAHAREDYKVRIDEYDYSKPIQGQQKKPFEEHWRKHTLSYVDVGTGKVTLEYRPVIDKTLNEADCATVPPAIRSY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	31674.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAAVVALSLRRRLPATTLGGACLQASRGAQTAAATAPRIKKFAIYRWDPDKAGDKPHMQTYEVDLNKCGPMVLDALIKIKNEVDSTLTFRRSCREGICGSCAMNINGGNTLACTRRIDTNLNKVSKIYPLPHMYVIKDLVPDLSNFYAQYKSIEPYLKKKDESQEGKQQYLQSIEEREKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNGDKYLGPAVLMQAYRWMIDSRDDFTEERLAKLQDPFSLYRCHTIMNCTRTCPKGLNPGKAIAEIKKMMATYKEKKASV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	18632.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAALLLRHVGRHCLRAHFSPQLCIRNAVPLGTTAKEEMERFWNKNIGSNRPLSPHITIYSWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGMSALLLPGNFESYLELVKSLCLGPALIHTAKFALVFPLMYHTWNGIRHLMWDLGKGLKIPQLYQSGVVVLVLTVLSSMGLAAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	17064.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAVLWRLSAVCGALGGRALLLRTPVVRPAHISAFLQDRPIPEWCGVQHIHLSPSHHSGSKAASLHWTSERVVSVLLLGLLPAAYLNPCSAMDYSLAAALTLHGHWGLGQVVTDYVHGDALQKAAKAGLLALSALTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-1
分子量 formula_weight	250.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
分子量 formula_weight	720.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	114967

cryo-EM structure of the human respiratory complex II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gs8__assembly_1__model_1

8gs8__assembly_1__model_1 | I(q)

8gs8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)