8gt7

Structure of falcipain and human Stefin A mutant complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine proteinase falcipain 2a

Plasmodium falciparum 3D7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cystatin-A × 2 （P01040） LYS-GLU-ILE-VAL-ASN-PRO-LEU-THR-LYS × 1 VAL-ASN-PRO-LEU-THR-LYS-LYS-GLY-GLU × 1 GLYCEROL × 65 SODIUM ION × 44 TETRAETHYLENE GLYCOL × 48 SULFATE ION × 5 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 54 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 12 1,2-ETHANEDIOL × 8 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8I6U4_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 244–484 作者链 C； PDB构建体 1–241； UniProt 244–484

Cystatin-A

Homo sapiens

UniProt P01040

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cysteine proteinase falcipain 2a × 2 （Q8I6U4） LYS-GLU-ILE-VAL-ASN-PRO-LEU-THR-LYS × 1 VAL-ASN-PRO-LEU-THR-LYS-LYS-GLY-GLU × 1 GLYCEROL × 65 SODIUM ION × 44 TETRAETHYLENE GLYCOL × 48 SULFATE ION × 5 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 54 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 12 1,2-ETHANEDIOL × 8 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYTA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gt7
沉积日期 deposition_date	2022-09-07
结构标题 title	Structure of falcipain and human Stefin A mutant complex
关键词 keywords	falcipain, stefin, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8gt7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8gt7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8gt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.95 Å
Rg（电子密度）	31.83 Å
总 Rg	33.17 Å
原子数	7307
残基数	696
排除体积	135560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8gt7__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine proteinase falcipain 2a
分子量 formula_weight	27205.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7507

QMNYEEVIKKYKGNENFDHAAYDWRLHSGVTPVKDQKNCGSCWAFSSIGSVESQYAIRKNKLITLSEQELVDCSFKNYGCNGGLINNAFEDMIELGGICTDDDYPYVSDAPNLCNIDRCTEKYGIKNYLSVPDNKLKEALRFLGPISISVAVSDDFAFYKEGIFDGECGDQLNHAVMLVGFGMKEIVNPLTKKGEKHYYYIIKNSWGQQWGERGFINIETDESGLMRKCGLGTDAFIPLIE

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cystatin-A
分子量 formula_weight	11048.5 kDa
突变 mutation	K68R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MIPGGLSEAKPATPEIQEIVDKVKPQLEEKTNETYGKLEAVQYKTQVVAGTNYYIKVRAGDNKYMHLRVFKSLPGQNEDLVLTGYQVDKNKDDELTGF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LYS-GLU-ILE-VAL-ASN-PRO-LEU-THR-LYS
分子量 formula_weight	1043.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

KEIVNPLTK

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VAL-ASN-PRO-LEU-THR-LYS-LYS-GLY-GLU
分子量 formula_weight	987.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

VNPLTKKGE

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	65

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL
分子量 formula_weight	370.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	195

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gt7B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	118.461 Å
晶胞边长 b length_b	119.620 Å
晶胞边长 c length_c	65.016 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.280 Å
最低分辨率 resolution_low	42.090 Å
R 因子 r_factor	0.2745
R_work r_work	0.2717
R_free r_free	0.2997

Structure of falcipain and human Stefin A mutant complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine proteinase falcipain 2a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cystatin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8gt7__assembly_1__model_1

8gt7__assembly_1__model_1 | I(q)

8gt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)