8guv

LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with tolcapone (CAS: 134308-13-7)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8guv
沉积日期 deposition_date	2022-09-13
结构标题 title	LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with tolcapone (CAS: 134308-13-7)
关键词 keywords	lectin, glycomimetics, Pseudomonas aeruginosa, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.36 Å
零角强度 I(0) i0	12661900.00
分子量 molecular_weight	26302.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32617 Å³
包络体积 envelope_volume	39582 Å³
水化壳体积 shell_volume	15360 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.33 Å
包络 Rg envelope_rg	25.42 Å
形状 Rg shape_rg	25.43 Å
总 Rg total_rg	25.56 Å
总原子数 total_atoms	1856
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7274
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.582
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.563
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2744000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.425; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.212; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	PA-I galactophilic lectin
分子量 formula_weight	12770.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2170

AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTIPVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	Tolcapone
分子量 formula_weight	273.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	274

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.650 Å
晶胞边长 b length_b	164.626 Å
晶胞边长 c length_c	50.105 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.320 Å
最低分辨率 resolution_low	42.840 Å
R 因子 r_factor	0.1999
R_work r_work	0.1987
R_free r_free	0.2222

fit	/app/data/saxs_computation/gu/8guv/8guv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gu/8guv/8guv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gu/8guv/8guv.dat

LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with tolcapone (CAS: 134308-13-7)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction