8gye

Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gye
沉积日期 deposition_date	2022-09-22
结构标题 title	Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab
关键词 keywords	Unique epitope, Binding affinity, intermediate level of activation of T cells, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.07 Å
零角强度 I(0) i0	250710000.00
分子量 molecular_weight	122040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150270 Å³
包络体积 envelope_volume	224860 Å³
水化壳体积 shell_volume	49381 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.17 Å
包络 Rg envelope_rg	42.43 Å
形状 Rg shape_rg	40.98 Å
总 Rg total_rg	41.39 Å
总原子数 total_atoms	8533
残基数 n_residues	1133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	250600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5981
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.630
峰度 Kurtosis kurtosis	0.098
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.635; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.842

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
分子量 formula_weight	18541.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8661

LQDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGCKDCCFGTFNDQKRGICRPWTNCSLDGKSVLVNGTKERDVVCGPSPADLSPGASSVTPPAPAREPGHSPQLEGGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	ZG033 Fab H chain
分子量 formula_weight	23180.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGSSLTSYGVHWVRQPPGKGLEGLGVIWPGGSTNYNSALMSRVTISKDNSKSQVSLKMSSLTAADTAVYYCARVTGTWYFDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	ZG033 Fab L chain
分子量 formula_weight	23443.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

DIQMTQSPSSLSASLGDRVTISCSASQGISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSTLHSGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDIATYYCQQYSKLPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.021 Å
晶胞边长 b length_b	65.913 Å
晶胞边长 c length_c	83.643 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	74.82 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.910 Å
R 因子 r_factor	0.2248
R_work r_work	0.2222
R_free r_free	0.2766

fit	/app/data/saxs_computation/gy/8gye/8gye.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/8gye/8gye.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/8gye/8gye.dat

Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)