SAXSdb — 8h3x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fragilysin

Bacteroides fragilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 9–405	未记录	nanobody 282 × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.66 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8H3X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8H3Y Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 提交 2022-10-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–405（397 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
8H3Y Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 提交 2022-10-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–405（397 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
8H3Y Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 提交 2022-10-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 9–405（397 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
8WEM Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2023-09-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 9–405（397 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 32 mg mL-1	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
8WEM Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2023-09-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–405（397 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 32 mg mL-1	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
8WEO Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody 提交 2023-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 220–405（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.50 Å R-free 0.197
8WEO Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody 提交 2023-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 220–405（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.50 Å R-free 0.197
9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 220–405（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.	分辨率 1.94 Å R-free 0.266
9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 220–405（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.	分辨率 1.94 Å R-free 0.266
9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 220–405（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.	分辨率 1.94 Å R-free 0.266
9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 220–405（186 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.	分辨率 1.94 Å R-free 0.266

共 4 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTM_BACFG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 9–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h3x
沉积日期 deposition_date	2022-10-09
结构标题 title	Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 282
关键词 keywords	Bacteroide Fragilis Toxin, nanobody, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.37 Å
零角强度 I(0) i0	49388600.00
分子量 molecular_weight	53479.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66338 Å³
包络体积 envelope_volume	81129 Å³
水化壳体积 shell_volume	27294 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.76 Å
包络 Rg envelope_rg	25.80 Å
形状 Rg shape_rg	25.36 Å
总 Rg total_rg	26.06 Å
总原子数 total_atoms	3762
残基数 n_residues	481
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8760
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.312
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fragilysin
分子量 formula_weight	44449.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.74
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4360

MKNVKLLLMLGTAALLAACSNEADSLTTSIDAPVTASIDLQSVSYTDLATQLNDVSDFGKMIILKDNGFNRQVHVSMDKRTKIQLDNENVRLFNGRDKDSTSFILGDEFAVLRFYRNGESISYIAYKEAQMMNEIAEFYAAPFKKTRAINEKEAFECIYDSRTRSAGKDIVSVKINIDKAKKILNLPECDYINDYIKTPQVPHGITESQTRAVPSEPKTVYVICLRENGSTIYPNEVSAQMQDAANSVYAVHGLKRYVNFHFVLYTTEYSCPSGDAKEGLEGFTASLKSNPKAEGYDDQIYFLIRWGTWDNKILGMSWFNSYNVNTASDFEASGMSTTQLMYPGVMAHELGHILGAEHTDNSKDLMYATFTGYLSHLSEKNMDIIAKNLGWEAADGD

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	nanobody 282
分子量 formula_weight	14255.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYTMTWVRQAPGKGLEWVSNINSDGGRTYYADSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCAIPKRTYVPPSQFDDRGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	563

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8h3xA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.663 Å
晶胞边长 b length_b	78.212 Å
晶胞边长 c length_c	118.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.660 Å
最低分辨率 resolution_low	35.170 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2164

fit	/app/data/saxs_computation/h3/8h3x/8h3x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h3/8h3x/8h3x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h3/8h3x/8h3x.dat

Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 282

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fragilysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)