SAXSdb — 8hbh

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hbh
沉积日期 deposition_date	2022-10-28
结构标题 title	Structure of human soluble guanylate cyclase in the NO-activated state at 3.1 angstrom
关键词 keywords	soluble guanylate cyclase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.20 Å
零角强度 I(0) i0	201793000.00
分子量 molecular_weight	120880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152790 Å³
包络体积 envelope_volume	212330 Å³
水化壳体积 shell_volume	38920 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.53 Å
包络 Rg envelope_rg	46.10 Å
形状 Rg shape_rg	47.19 Å
总 Rg total_rg	47.30 Å
总原子数 total_atoms	8493
残基数 n_residues	1099
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.2 Å
Rg (实空间) rg_real	47.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7203
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.264
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.120
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.656; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.391; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanylate cyclase soluble subunit alpha-1
分子量 formula_weight	77566.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8502

MFCTKLKDLKITGECPFSLLAPGQVPNESSEEAAGSSESCKATMPICQDIPEKNIQESLPQRKTSRSRVYLHTLAESICKLIFPEFERLNVALQRTLAKHKIKESRKSLEREDFEKTIAEQAVAAGVPVEVIKESLGEEVFKICYEEDENILGVVGGTLKDFLNSFSTLLKQSSHCQEAGKRGRLEDASILCLDKEDDFLHVYYFFPKRTTSLILPGIIKAAAHVLYETEVEVSLMPPCFHNDCSEFVNQPYLLYSVHMKSTKPSLSPSKPQSSLVIPTSLFCKTFPFHFMFDKDMTILQFGNGIRRLMNRRDFQGKPNFEEYFEILTPKINQTFSGIMTMLNMQFVVRVRRWDNSVKKSSRVMDLKGQMIYIVESSAILFLGSPCVDRLEDFTGRGLYLSDIPIHNALRDVVLIGEQARAQDGLKKRLGKLKATLEQAHQALEEEKKKTVDLLCSIFPCEVAQQLWQGQVVQAKKFSNVTMLFSDIVGFTAICSQCSPLQVITMLNALYTRFDQQCGELDVYKVETIGDAYCVAGGLHKESDTHAVQIALMAVKMMELSDEVMSPHGEPIKMRIGLHSGSVFAGVVGVKMPRYCLFGNNVTLANKFESCSVPRKINVSPTTYRLLKDCPGFVFTPRSREELPPNFPSEIPGICHFLDAYQQGTNSKPCFQKKDVEDGNANFLGKASGID

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
分子量 formula_weight	70599.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MYGFVNHALELLVIRNYGPEVWEDIKKEAQLDEEGQFLVRIIYDDSKTYDLVAAASKVLNLNAGEILQMFGKMFFVFCQESGYDTILRVLGSNVREFLQNLDALHDHLATIYPGMRAPSFRCTDAEKGKGLILHYYSEREGLQDIVIGIIKTVAQQIHGTEIDMKVIQQRNEECDHTQFLIEEKESKEEDFYEDLDRFEENGTQESRISPYTFCKAFPFHIIFDRDLVVTQCGNAIYRVLPQLQPGNCSLLSVFSLVRPHIDISFHGILSHINTVFVLRSKEGLLDVEKLECEDELTGTEISCLRLKGQMIYLPEADSILFLCSPSVMNLDDLTRRGLYLSDIPLHDATRDLVLLGEQFREEYKLTQELEILTDRLQLTLRALEDEKKKTDTLLYSVLPPSVANELRHKRPVPAKRYDNVTILFSGIVGFNAFCSKHASGEGAMKIVNLLNDLYTRFDTLTDSRKNPFVYKVETVGDKYMTVSGLPEPCIHHARSICHLALDMMEIAGQVQVDGESVQITIGIHTGEVVTGVIGQRMPRYCLFGNTVNLTSRTETTGEKGKINVSEYTYRCLMSPENSDPQFHLEHRGPVSMKGKKEPMQVWFLSRKNTGTEETKQDDD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	NITRIC OXIDE
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8hbhB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1520 — H-NOX domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — H-NOX domain

结构域编号 domain_id	8hbhB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Haem NO binding associated domain

结构域编号 domain_id	8hbhB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 — Nucleotide cyclase, GGDEF domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	970628

fit	/app/data/saxs_computation/hb/8hbh/8hbh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hb/8hbh/8hbh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hb/8hbh/8hbh.dat

Structure of human soluble guanylate cyclase in the NO-activated state at 3.1 angstrom

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)