SAXSdb — 8hje

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP28_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 150–399 作者链 A； PDB构建体 257–380； UniProt 580–703

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hje
沉积日期 deposition_date	2022-11-23
结构标题 title	Vismodegib binds to the catalytical domain of human Ubiquitin-Specific Protease 28
关键词 keywords	Vismodegib, USP28, catalytical domain, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8hje__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8hje__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8hje__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.64 Å
Rg（电子密度）	20.26 Å
总 Rg	21.09 Å
原子数	2438
残基数	312
排除体积	42706 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8hje__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
分子量 formula_weight	44432.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2438

NPNDWRRVDGWPVGLKNVGNTCWFSAVIQSLFQLPEFRRLVLSYSLPQNVLENCRSHTEKRNIMFMQELQYLFALMMGSNRKFVDPSAALDLLKGAFRSSEEQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQLAVNVNSPRNKSENPMVQLFYGTFLTEGVREGKPFCNNETFGQYPLQVNGYRNLDECLEGAMVEGDVELLPSDHSVKYGQERWFTKLPPVLTFELSRFEFNQSLGQPEKIHNKLEFPQIIYMDRYMYGSGSGSRQVPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIYNQPRQSWLKYNDISVTESSWEEVERDSYGGLRNVSAYCLMYINDKLPYFNAEAAPTESDQMSEVEALSVELKHYIQEDNWRFEQEVEEWEEEQSCKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide
分子量 formula_weight	421.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8hjeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	105.099 Å
晶胞边长 b length_b	105.099 Å
晶胞边长 c length_c	327.422 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	43.850 Å
R 因子 r_factor	0.2237
R_work r_work	0.2221
R_free r_free	0.2543

Vismodegib binds to the catalytical domain of human Ubiquitin-Specific Protease 28

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8hje__assembly_1__model_1

8hje__assembly_1__model_1 | I(q)

8hje__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Vismodegib binds to the catalytical domain of human Ubiquitin-Specific Protease 28

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8hje__assembly_1__model_1

8hje__assembly_1__model_1 | I(q)

8hje__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)